第十条 煤炭企业应按月计提煤炭调节费，按季申报缴纳。煤炭调节费列入企业成本，准予在企业所得税税前扣除。
第十一条 煤炭企业在2008年12月31日前已处置采矿权价款的，不缴纳煤炭调节费；已委托评估采矿权价款的，按照有关规定处置，不缴纳煤炭调节费；已处置的探矿权价款，可抵扣应缴纳的煤炭调节费。已处置采矿权价款的煤炭企业，有偿出让的资源量开采完毕后，继续开采的按照本办法计征煤炭调节费。
第十二条 煤炭企业应严格按照采矿许可证标定生产规模进行安全生产。超规模生产的除按有关规定处罚外，超采产量在本办法第六和第七条确定的煤炭调节费基础上加倍计征煤炭调节费。
第五章 支出管理
第十三条 自治区留成的煤炭调节费纳入自治区地质勘查基金管理，按照《新疆维吾尔自治区地质勘查基金（周转金）管理暂行办法》（新财建〔2008〕52号）规定的用途支出。
第十四条 自治区财政从各地州市缴纳自治区的煤炭调节费中，按照各地州市缴款总额（扣除上缴中央财政的20％）的30％比例测算拨付各地州市财政部门，主要用于县（市）级矿产资源勘查、矿产资源保护和必要的煤炭调节费征收工作经费等项支出。
第十五条 各级财政部门和国土资源管理部门煤炭调节费征收工作所需经费，可从自治区按照30％比例拨付各地的煤炭调节费中支出。征收工作经费预算要进行严格审核后安排支出，确保专项用于煤炭调节费征收管理工作。
第六章 监督检查
第十六条 各级财政部门和国土资源管理部门要加强煤炭调节费的收缴管理和监督检查。对未按规定期限及金额及时足额缴纳煤炭调节费的，从滞纳之日（收到缴款通知书后第6个工作日）起每日加收2‰的滞纳金，并由国土资源管理部门责令其在15日内缴纳；逾期仍不缴纳的，由国土资源管理部门依照有关法律法规进行严肃处理。
对未按规定期限及时足额缴纳煤炭调节费的，国土资源管理部门不予办理采矿许可证年审手续。
第十七条 各级财政部门和国土资源管理部门应加大对煤炭调节费征收过程中各种违规违纪行为的查处力度，依法对违规减免，不履行收费职责，应收不收，不及时足额缴库，截留、坐支、挪用及商业贿赂等违纪行为从严查处，追究有关领导和责任人的行政、经济责任。构成犯罪的，依法移送司法机关追究刑事责任。
