市主管部门负责国家级设施基地配套支持经费的申请受理。
第五条 （申请）
国家主管部门对国家级设施基地建设项目有地方配套支持经费要求的，在国家级设施基地建设方案（项目建议书、项目申请报告、资金申请报告等）报送国家主管部门前，项目申报单位应向市主管部门提出配套支持经费的预申请报告。市主管部门负责进行审查，并将审查合格的预申请报告抄送市科委、市发展改革委和市财政局。
在国家级设施基地建设方案获得国家主管部门批准后，项目申报单位应向市主管部门提出配套支持经费正式申请报告，并同时提交以下材料：
（一）国家主管部门的批复文件；
（二）经国家主管部门批复的国家级设施基地建设方案；
（三）项目申报单位科研设施共享服务情况及加盟上海研发公共服务平台的承诺书；
（四）其他需要提交的材料。
第六条 （审核）
市主管部门负责核实申请材料，提出配套支持经费数量、资金拨付方式等初步意见，并报送市科委、市发展改革委和市财政局。
市科委、市发展改革委和市财政局根据国家主管部门的批复文件和本市资金安排可能，核定配套支持经费。特殊或重大配套项目，由市科委、市发展改革委和市财政局联合向市政府请示。
第七条 （经费拨付和使用）
市财政资金支持的国家级设施基地，项目申报单位就配套支持经费的使用填报《上海市配套国家级设施基地建设项目计划任务书》，与市主管部门签订合同。市财政局根据财政资金管理的有关规定以及计划任务书、合同，核拨经费。
市级建设财力支持的国家级设施基地，按照本市基本建设程序，在具备条件后下达投资计划。市级建设财力通过国有投资公司投资并形成资产。
配套支持经费的使用，应严格按照本市财政性资金管理的有关规定执行，实行单独核算、专款专用。经费开支范围和标准，应与《上海市配套国家级设施基地建设项目计划任务书》或项目概算批复相一致，严禁超范围超标准开支。
第八条 （监管和验收）
市主管部门负责监管配套支持经费的使用，并配合国家主管部门及时对国家级设施基地建设项目组织验收。如配套支持经费决算有结余，结余经费按照拨付渠道返还。
