县级政府组织和督导企业自查是整个清仓查库的基础环节，对提高清仓查库的效率具有重要作用。县级政府要精心组织部署，按照全市清仓查库的统一要求，督促本地纳入检查范围的所有企业切实做好自查工作。企业在完成自查的同时，要为下一步市级普查、省级复查和国家抽查做好充分准备。
市级普查是确保清仓查库工作质量的关键环节。市政府将按照“有仓必到、有粮必查、有账必核、查必彻底”的原则，对本地纳入检查范围的粮食企业库存情况逐一进行全面普查，确保检查结果真实、准确。
省级复查由省政府采取随机抽样、突击检查和暗查等多种方式，对市级普查和县级自查的工作质量进行复核。
普查、复查均采取综合交叉的检查方式，对参与检查的人员按照“统一抽调、混合编组、集中培训、综合交叉、本地回避”的原则在辖区内择优选调和安排。从县（市、区）抽调参加市级普查的人员不得参与对本县（市、区）的普查工作。
国务院抽查工作组抽查，在省级复查的基础上采取不事先打招呼、随机选点的方式进行。
自查、普查和复查的具体检查方法按照《2009年全国粮食清仓查库检查方法》执行。普查和复查具体组织方式由市领导小组办公室另文下发。
四、清仓查库进度安排
（一）准备阶段
1.成立机构。2009年3月20日前，县（市）政府要成立粮食清仓查库工作领导小组及办事机构，并将机构设置和人员名单等情况报送市领导小组办公室备案。
2.制定清仓查库实施方案。各县（市）要结合本地实际，细化制定本辖区内清仓查库的具体实施方案，并报市领导小组备案。
3.动员和培训。2009年3月中旬前，市领导小组办公室完成辖区内参加市级普查和县级自查的全体检查人员的培训任务。培训内容以《2009年全国粮食清仓查库检查方法》、本实施方案为主。2009年3月下旬前，县级政府完成清仓查库工作的动员和部署。
4.其他准备。各级领导小组办公室和被查企业应要备齐相关文件、账务和报表资料，提前准备工作底稿，对不规则货位进行形态整理，备齐经质量技术监督部门严格校正的称重、计量和质量扦样等检查工具。考虑个别存粮数量较少、粮堆形状难以规范的货位需要采用检斤法检查粮食数量，各地应提前配置少量移动式散粮自动秤（建议单机检斤能力不低于15吨/小时）。
