（2）将第十条（二）修改为：“（二）购置海洋捕捞渔船
1.渔业船网工具指标申请书；
2.企业法人营业执照或个人户籍证明复印件；
3.被购置渔船的渔业船舶检验证书和国籍（登记）证书原件和复印件；
4.被购置渔船的渔业捕捞许可证复印件。
……申请跨省购置国内捕捞渔船的，除提供第（二）项规定的资料外，还应当提供卖方所在省级渔业行政主管部门依据原渔船主机功率凭证出具的同意转移船网工具指标证明原件，以及原发证机关出具的渔业捕捞许可证注销证明原件。”
（3）将第十条（三）修改为“（三）更新改造海洋捕捞渔船
1.渔业船网工具指标申请书；
2.企业法人营业执照或个人户籍证明复印件；
3.渔业船舶检验证书和国籍（登记）证书原件和复印件；
4.渔业捕捞许可证复印件。
……申请增加渔船主机功率，增加部分的船网工具指标，除提供第（三）项规定的资料外，还应当提供县级以上渔业行政主管部门出具的渔业船舶拆解、销毁或处理证明原件和原发证机关出具的渔业船舶证书（渔业船舶检验证书、渔业船舶登记证书或渔业船舶国籍证书、渔业捕捞许可证）注销证明原件。”
（4）将第十条原（五）改为（六），增加一项作为（五）：“购置并制造、购置并更新改造、进口并更新改造海洋捕捞渔船，申请人应当同时按照制造、更新改造和进口海洋捕捞渔船的要求提供有关材料。”
（5）将第二十三条修改为：“从事钓具、灯光围网作业渔船的子船与其主船（母船）使用同一本渔业捕捞许可证。”
（6）将第二十八条修改为：“在渔业捕捞许可证有效期内发生下列情况的，须按规定重新申请渔业捕捞许可证：
（一）渔船作业方式变更；
（二）渔船主机、主尺度、总吨位变更；
（三）因渔船买卖发生渔船所有人变更。
海洋捕捞渔船买卖，以及主机功率和主尺度变更的，须事先按本规定第十条规定重新申请船网工具指标。
发证机关批准换发和重新发放渔业捕捞许可证的，应当收回原渔业捕捞许可证，并办理渔业捕捞许可证注销手续。”
16.
水产品批发市场管理办法（1996年11月27日农渔发[1996]13号发布）
修改内容：删除第10条。
17.
渔船作业避让暂行条例（1983年9月20日农牧渔业部[83]农（管）字第28号发布）
修改内容：将名称修改为：“渔船作业避让规定”，并将文中的“本条例”改为“本规定”。
三、适时全面修改的规章
1.
农药管理条例实施办法（1999年7月23日农业部令第20号发布，2002年7月27日农业部令第18号，2004年7月1日农业部令第38号修订）
2.
肥料登记管理办法（2000年6月23日农业部令第32号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
3.
国外引种检疫审批管理办法（1993年11月10日[1993]农（农）字第18号发布，1999年6月3日农农发[1999]7号修改）
4.
“绿色证书”制度管理办法（1997年4月22日农业部令第12号发布）
5.《种畜禽生产经营许可证》管理办法（1998年11月5日农业部令第4号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
6.兽用麻醉药品的供应、使用、管理办法（1980年11月20日[80]农业（牧）字第34号、[80]卫药字36号、[80]国药供字第545号发布）
7.
兽医微生物菌种保藏管理试行办法（1980年11月25日[80]农业（牧）字第181号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
