91.中华人民共和国渔业船舶普通船员专业基础训练考核发证办法（1998年3月2日农渔发[1998]2号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
92.农业部关于在东海、黄海实施新伏季休渔制度的通知（1998年4月2日农渔发[1998]6号发布）
93.中华人民共和国渔业船舶验船师资格考评管理规定（1998年12月16日农渔发[1998]11号发布）
94.吕泗、长江口和舟山渔场部分海域捕捞许可管理规定（1999年2月13日农渔发[1999]3号发布）
95.
农业部关于在南海海域实行伏季休渔制度的通知（1999年3月5日农渔发[1999]2号发布）
96.
中日渔业协定暂定措施水域管理暂行办法（1999年3月5日农业部令第8号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
97.
中华人民共和国水生野生动物利用特许办法（1999年6月24日农业部令第15号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
98.
中华人民共和国管辖海域外国人、外国船舶渔业活动管理暂行规定（1999年6月24日农业部令第18号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
99.渔业船舶航行值班准则（试行）（1999年11月8日农渔发[1999]10号发布）
100.
渔业污染事故调查鉴定资格管理办法（2000年4月12日农渔发[2000]7号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
101.
中华人民共和国渔业行政执法船舶管理办法（2000年6月13日农业部令第33号发布）
102.
中华人民共和国渔业港航监督行政处罚规定（2000年6月13日农业部令第34号发布）
103.
中韩渔业协定暂定措施水域和过渡水域管理办法（2001年2月16日农业部令第47号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
104.
水产苗种管理办法（2001年12月10日农业部令第4号发布，2005年1月5日农业部令第46号修订）
105.
远洋渔业管理规定（2003年4月18日农业部令第27号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
106.
水产养殖质量安全管理规定（2003年7月24日农业部令第31号发布）
107.
渤海生物资源养护规定（2004年2月12日农业部令第34号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
108.
中华人民共和国海洋渔业船员发证规定（2006年3月27日农业部令第61号发布）
二、部分条款修改的规章
1.
植物检疫条例实施细则（农业部分）（1995年2月25日农业部令第5号发布，1997年12月25日农业部令第39号、2004年7月1日农业部令第38号修订）
修改内容：（1）删除第二十六条。
（2）将第二十七条修改为：“国内植物检疫收费按照国家有关规定执行”。
2.
主要农作物品种审定办法（2001年2月26日农业部令第44号发布）
修改内容：（1）将第七条修改为：“品种审定委员会按作物种类设立专业委员会，各专业委员会由9-17人组成，设主任1名，副主任1-2名。”
