（一）条件审核。按照本办法第十二条的要求，科技部对省（自治区、直辖市）提供的相关材料，进行审核。
（二）商请。省（自治区、直辖市）人民政府商请与科技部建立部省会商工作制度，提出合作主题并提交相关材料。
（三）磋商。双方就合作的主题、目标、任务、保障措施等进行讨论协商，达成共识。
（四）批准。建立部省会商工作制度的议定书文本须经科技部和省级人民政府批准，并由省级人民政府向科技部正式行文。
（五）首次会商安排的程序一般与建立部省会商工作制度的程序合并履行。
第十四条 签订议定书。举行签约仪式，由科技部部长和省（自治区、直辖市）长签订议定书。
第十五条 双方按照议定书确定的合作主题开展会商。会商原则上每年进行一次，可以采取各种适当的方式进行。会商程序如下：
（一）确定会商事项。由省（自治区、直辖市）科技厅（委）行文，提出会商事项（包括具体内容），经双方协商后分别报部、省（自治区、直辖市）领导同意。
（二）安排会商。由省（自治区、直辖市）人民政府行文，正式提出关于本次会商的议程、会商事项及相关安排的建议，并由双方共同作出会商安排。
（三）开展会商。会商的基本议程为：总结上一年度（或阶段）工作情况，省（自治区、直辖市）对本年度（或阶段）工作提出会商事项及作相关说明，双方进行讨论，形成一致意见，由部省合作委员会主任进行工作部署。
（四）印发会商纪要。
第六章 组织管理
第十六条 成立部省合作委员会。部省合作委员会是部省会商工作的领导协调机构，负责确定重大合作事项及其实施方案，部署相关工作任务，督促落实并组织对会商合作工作的效果评估。部省合作委员会实行双主任制。主任由科技部部长和省（自治区、直辖市）长担任，副主任由科技部副部长和分管副省（自治区、直辖市）长担任，成员为双方相关部门的主要负责人。
第十七条 部省会商工作的具体职责分工。科技部计划司和省（自治区、直辖市）科技厅（委）作为双方的联系单位和各自的业务牵头协调部门。部省各自的业务归口部门负责本领域的相关工作，并按分工落实合作事项。
