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组织制订海洋工作的发展战略、方针、政策和规划，编制年度计划，负责重大项目的立项、申报工作，负责经费、物资、装备、基建、海洋统计和局属企业的管理工作。
（三）海洋综合管理司
组织制订我国海洋基本法规和海洋、海岸带及海岛开发规划、功能区划，协调海洋资源的合理开发利用；参与组织我国与邻国海域划界的研究工作；负责全国海域使用的监督管理，颁发海域使用许可证；主管防止海洋石油勘探开发和海洋倾废污染损害海洋的环境保护工作，选划和管理海洋自然保护区；负责审批海底电缆敷设、管道路由和人工构造物的设置；负责建设和管理中国海监队伍，实施巡航监视、监督管理。
（四）海洋监测服务司
组织经常性的海洋环境监测，负责组织海洋环境污染监测、监视和海洋环境质量评价，负责建设和管理全国海洋环境监测、预报、信息、资料、标准、计量服务系统及其基础设施，发布海浪、海温、潮汐、海流、风暴潮、海冰等预报和海洋灾害预报警报，负责海洋仪器的生产定型。
（五）科学技术司
会同有关部门制订全国海洋科技发展规划，协调海洋科技工作，组织、指导全国性的海洋综合调查研究，组织国家海洋科技攻关和重大科研项目的研究，编制和出版海洋基础图件，负责海洋科技成果、科技档案管理和服务工作。
（六）国际合作司
负责国际合作和交流，组织编制有关的国际海洋合作计划和规划，组织参加国际海洋组织及其活动，负责组织政府间有关的海洋合作及其协议的拟定和实施，办理局日常外事业务工作。
（七）人事劳动教育司
组织实施公务员制度，负责全局的人事和专业技术职务管理工作，管理本系统的劳动工资、机构编制和安全工作，负责全局职工教育和培训工作，管理海洋成人教育中心和学校，组织制订海洋管理体制的改革方案。
（八）政治部（机关党委）
负责局机关和在京直属单位以及全国海洋管理系统的党群工作和政治思想工作。
四、人员编制和领导职数
国家海洋局机关行政编制为240名。其中，局长1名，副局长4名；正副司长24名（含政治部副主任及机关党委专职副书记2名，不含南极考察办公室主任和副主任）。
纪检、监察、审计等派驻机构和后勤、老干部服务机构及编制，按有关规定另行核定。
根据《国务院办公厅关于撤销国家南极考察委员会的通知》（国办函〔1994〕3号），国家南极考察委员会办公室更名为国家海洋局南极考察办公室，承担南极考察的具体工作，编制（事业编制40名）和经费渠道不变。
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