组织制订科技发展长远规划，组织编制和协调与基础性研究、高技术关系密切的国家重大科技攻关计划、高技术研究发展计划、国家重大基础性项目计划和促进科技成果转化的星火、火炬、成果推广等科技开发计划；负责国家科委管理的科技三项费、事业费和科技贷款的使用及管理，合理安排使用科技计划的经费，协调管理国家工程技术研究中心，协调国家重大科技工程项目；会同有关部门制定国家级新产品和中试产品的优惠政策，负责科技指标、科技统计和统计分析工作，负责相关科技计划的技术引进工作；会同有关部门审批全国性独立科研机构。
（五）条件财务司
负责开辟科技经费渠道，筹措科技资金；负责科技经费的财务管理，并对经费的使用管理进行监督；研究制订科技投入、科研条件保障、科技财务管理等方面的方针、政策，编制和组织实施科技物资、科研技术装备的规划和计划，负责编制和管理委机关基建计划；监督管理委属单位的国有资产。
（六）科技成果司（对外可用国家科技保密办公室名义）
研究制订科技成果管理的方针、政策和规章、制度，管理重点科技成果的登记、鉴定、推广和保密工作，负责
技术合同法的监督实施，协调重点科技成果的推广工作，组织国家重大科技成果推广示范以及促进军工技术向民用转移的工作；与有关部门共同管理技术出口工作。
（七）国际科技合作司
管理科技外事工作，研究制订国际科技合作的政策及规章、制度，管理官方科技合作协议，审核与协调重要民间科技合作交流项目，管理国外科技援款的使用，管理和指导驻外科技机构工作，联系外国和国际组织的驻华科技机构，联系对台有关科技工作。
（八）基础研究高技术司
组织制订国家基础性研究和高新技术发展的方针、政策和发展规划，协调基础性研究的投资方向，组织实施国家高新技术研究发展计划（民口部分）和重大基础性研究工作，负责协调国家重点实验室和开放实验室的运行和管理，指导和协调全国基础性研究及重点研究机构的工作。
（九）工业科技司
组织制定高新技术与工业科技发展战略、方针和政策，组织实施工业部门与基础性研究、高技术关系密切的国家重大科技攻关工作，协同有关部门推动企业的技术进步。
（十）农村科技司（对外可用星火办公室名义）
会同有关部门研究制订促进农村科技发展的战略、方针和政策，促进科技兴农工作，组织协调农业方面的国家科技攻关，协调星火计划的实施，组织指导农村重大支柱产业的科技示范，协同有关部门推动农村科技进步。
（十一）社会发展科技司
