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（三）制定并发布环境保护国家标准（环境质量标准、污染物排放标准、环境基础标准、环境方法标准、标准样品标准）及环境保护行业标准并监督实施。
（四）负责大气、水体、土壤、海洋等的环境保护工作，负责监督管理全国废气、废水、废渣、粉尘、恶臭气体、放射性物质、有毒化学品以及噪声、振动、电磁波辐射等污染的防治工作，公布应禁止（或严格限制）建设的重污染项目名录，会同有关部门组织公害病调查并提出防治对策，公布有毒化学品优先控制名录，组织有毒化学品进出口登记管理工作；受国务院委托处理涉外环境污染纠纷，协调省际环境污染纠纷，对重大环境污染事故和生态破坏事件进行调查处理。
（五）负责监督管理全国自然环境保护工作，负责全国自然保护区的区划、规划工作，向国务院提出新建国家级自然保护区审批建议，综合协调并监督检查生物多样性与野生动植物、珍稀濒危物种保护工作，监督珍稀濒危物种的进出口管理，指导生态农业建设工作；监督对生态环境有影响的资源开发活动。
（六）组织排污申报登记与排污许可证、排污收费、环境影响评价、“三同时”等环境管理制度的实施，审批限额以上基本建设项目和技术改造项目以及区域开发建设项目的环境影响报告书，指导城市环境综合整治工作，负责环境保护重点城市的环境综合整治定量考核。
（七）制订并组织实施国家环境保护技术政策和科技发展规划、环境保护产业发展规划，组织重大环境科技攻关以及环境科技成果的管理工作，归口管理环境保护技术引进工作，组织全国环境保护设备的质量监督、认证工作，组织管理环境标志工作。
（八）管理全国环境监测工作，建立环境监测制度。制定环境监测规范，管理国家级环境监测网和全球环境监测系统中国网，指导各级环境监测站的计量认证和质量保证工作，会同有关部门组织环境监测网络。
（九）指导和协调全国环境保护宣传教育工作，协同国家教育主管部门编制大、中、小学和成人教育的环境教育大纲并确定环境教育教材及课程设置，指导其他部门在有关各类院校开展环境教育工作。
（十）指导全国环境保护队伍建设，规划与组织指导全国环境保护系统在职人员岗位培训和继续教育，指导全国环境保护系统劳动工资工作。
（十一）会同有关部门制订国家关于全球环境问题的基本原则，参加国际环境条约的谈判及组织国内履约活动，协调有关环境保护的国际活动，归口管理环境保护国际合作和利用外资项目，组织审核各地区、各部门的环境保护对外合作项目，指导我国驻联合国环境规划署代表处的工作，负责与国际环境保护组织的联系。
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