（十二）农业司（农业税征收管理局）
管理农业、林业、农垦、水产、气象等企业事业单位和城镇青年就业等部门的财务工作，管理有关支农专项资金的分配并引导全国支农资金的分配使用，制定农业财务管理制度，审批中央农林部门的年度预算、决算，负责全国农业税、牧业税、农林特产税、耕地占用税、契税的征收和管理工作，研究农民税负政策和农业税税制改革。
（十三）国债司
会同有关部门管理我国政府的国内、国外债务，编制政府内外债务计划，并制订相应的政策和有关管理制度；制定政府国外债务的国内统一转贷办法，管理统借外债的国内转贷；编制政府内外债务预算、决算；管理国家公债的发行，研究国债运行机构的改革；参与制订国家各种债券及证券市场的政策和管理办法，管理政府国内债务的偿债基金，组织管理并办理政府有关债务的还本付息事宜；根据国务院授权，负责我国政府在国际金融市场的筹资工作。
（十四）基本建设司
根据国家计划按期拨付国家财政投资，与有关部门共同审批政策性基建贷款贴息，制订基本建设、地质勘探的有关财务制度，管理建筑施工企业财务，负责对国家基本建设投资使用效益进行重点分析、检查和监督，参与投资体制的改革。
（十五）会计司
管理全国会计工作，制订和贯彻实施全国性的
会计法令和规章，管理和组织实施全国会计专业技术资格考试工作，指导和监督会计电算化工作，管理注册会计师和会计师事务所，办理外国会计公司在我国设置常驻代表机构的审批事项，提出在建立和完善社会主义市场经济体制中充分发挥会计人员作用的建议。
（十六）条法司
负责组织制订财税立法规划和重要财政法规，参与税收法规的研究与协调，审查协调部内各单位拟定的法规，审核各部门法规中有关财政税收的条款，监督检查财税法规的执行，负责办理财政行政复议和行政诉讼案件等事项。
（十七）国际合作司
管理部内及所属单位的外事和港澳台事务，编制和组织执行外事计划，管理部内外事经费，负责商谈国际间有关合作事宜，组织国外考察和培训。
（十八）财政监督司（财政部财政、税务、财务大检查办公室）
负责全国财政监督和财政、税务、财务大检查工作，监督检查各地区、各部门及社会团体、企业事业单位执行财税政策、法令、制度的情况，研究制订有关财政监督的政府、法规和制度，管理财政部派驻各省、自治区、直辖市的财政监察专员，查处违反财经纪律和对坚持执行财经纪律进行打击报复的重点案件。
（十九）人事教育司
