但是，由于宏观调控政策和监督措施尚未及时跟上，在配额许可证管理中出现了一些新的问题。目前在配额许可证管理中存在的主要问题有以下几个方面：
（一）出口配额管理办法不尽完善、分配不够科学、合理
随着我国加快经济体制改革的步伐，越来越多的企业获得了进出口经营权。经营单位和经营渠道的增多，使大量的出口企业争抢有限的出口配额。尽管外经贸部对配额分配、管理作了规定，但规定比较原则，不够具体，在执行中掌握的标准不一。一些地方外贸管理部门对有些商品的配额分配采取“撒胡椒面”的办法，分配过于分散。有些地方甚至违反有关规定，把配额分配给不符合条件的企业。这些做法不仅使出口形成不了规模效益，而且易引起恶性竞争，还会带来许多不正之风；在国外则扰乱了市场，不能建立稳定的出口渠道。如果这种状况持续下去，不仅经营单位和出口价格难以协调，出口数量得不到有效的控制，而且经济效益将会继续下降。还有些地方自行制定了一些不符合全国配额管理规定的分配配额的办法，使国家配额许可证管理政策的统一性受到干扰。
部分实行单一市场配额管理的商品漏洞较多。一些换汇成本低、高盈利的出口商品，虽然国家对主销市场实行配额管理，但一些企业通过其它市场转口，冲击了主销市场，致使出口价格大幅度下跌，严重影响管理效果。特别是实行一般许可证管理的出口商品，由于没有总量控制，一些发证机关缺乏对市场情况的了解，过量发放许可证；加上一些地方和单位受局部利益的影响，随意发证，导致这些商品的出口秩序不同程度地出现了混乱。
（二）出口许可证管理制度执行不严
无论是在许可证管理，还是在配额分配方面，都不同程度地存在着有令不行、有禁不止的现象。有些发证机构以支持企业出口为名，超配额、或无配额签发出口许可证。在管理上缺乏科学、严密的检查和监督措施，配额分配方案的抄报、定期检查及各种管理信息反馈不及时，管理部门之间缺少配合和制约措施，这都在一定程度上影响了管理工作的顺利进行。
上述问题的存在已经影响到外贸出口的经营秩序，成为我一般现汇出口下降的重要原因之一，必须引起我们的高度重视。
二、出口商品配额许可证管理办法的改革
针对目前配额许可证管理工作中存在的问题，根据深化外贸体制改革的要求，凡是国家确实需要管理的商品，一定要管住，可管可不管的可以放开。为此，对现行的配额许可证管理办法要作出进一步修改和完善。
（一）完善出口计划配额管理办法
