中国工程院建立后，它与中国科学院（学部）是互不隶属、工作上各有侧重而独立存在的两个最高学术机构，根据各自不同的特点发挥作用。同时，许多科学家、工程技术专家提出，工程院建立后，一定是注意工程技术与科学的密切结合，避免理工截然分家；要注意体现现代科学技术相互渗透、综合交叉的特点，以有利于我国科学技术事业和经济、社会和整体协调发展。为此，采取相应措施，保持两院的有机联系是十分重要的，如：在两院院士中，根据各自的标准和规定程序，允许少数成员交叉当选，兼有两个称号；两院院士在开展重大咨询工作和承担其它任务时，可根据需要，组织联合活动，便于交流和互补。
　　（五）关于中国工程院院士的标准和条件。
　　中国工程院院士，作为国家在工程技术方面的最高学术称号，必须经过严格的程序，由选举产生。其标准和条件应与中国科学院院士各有侧重，对工程院院士应特别注意其在工程技术方面的贡献和应用成就。
　　凡在工程技术领域作出重大的、创造性的成就和贡献，热爱祖国，学风正派的高级工程师、研究员、教授或同等职称的工程技术专家、学者，可被推荐当选为中国工程院院士。其中，“重大的、创造性的成就和贡献”，主要是指：在某工程技术领域，取得重要研究成果和有重大发明创造；或在重大工程设计和建设中，创造性地解决工程技术问题有重大贡献；或为某重要工程技术领域的奠基者和开拓者；或在工程技术应用方面，成绩卓著者。　　
　　（六）关于中国工程院第一批院士的产生及以后的增选制度。
　　参照我国首批学部委员和各国第一批院士产生的作法，中国工程院第一批院士可根据确定的标准和条件，按照一定程序，经过提名、协商和遴选，由筹备领导小组提出１００人左右的拟聘名单（其中含３０名工程背景比较强的中国科学院学部委员），报请国务院批准后，以中国工程院名义聘任。在中国工程院成立大会上颁发院士证书，履行聘任手续。以首批院士为基础，随即在全国范围内按规定程序，再增选一批（３００名左右）工程院院士；尔后，每两年增选一次。到本世纪末，工程院院士的总人数，将达到比中国科学院院士总人数更多一些。
　　在第一批工程院士拟聘名单中，来自产业部门的不少于三分之二，年龄在６５岁以下的不少于二分之一。此后的增选中，６０岁以下的应不少于二分之一。
　　为保持工程院的活力和维护老年学者的健康，同时鉴于国务院１９９０年在批准增选中国科学院学部委员时，已提出过实行名誉学部委员制度，为此，工程院建立后，即实行名誉院士制度。具体作法是，从召开第二次院士大会起，凡年龄达到８０周岁的院士，自动转为名誉院士。对于少数德高望重，作出过卓越贡献的工程技术专家，也可直接授予工程院名誉院士称号。中国科学院学部委员改称院士后，亦照此实行。

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