进一步扩大公路、水路建设项目直接投融资比重，鼓励符合条件的企业通过发行企业债券等形式筹集建设资金。
继续发挥银行贷款等间接融资渠道的功能，保证银行资金的连续性，尽可能为交通建设筹集更多的建设资金。研究制订吸引各方面资金进入交通领域的政策。加快研究老港区功能转换政策，鼓励港口企业在新港区开发上争取地方政府更多的政策支持。
各级政府加要大对内河建设的支持力度。鼓励实施以电促航，航电并举，制定和实施江河流域联合治水、综合合作开发的良性循环政策。研究利用各种基金通过信托形式投资交通建设，通过资金的调剂使用，弥补交通建设资金不足。
建立政府科技投入的稳定增长机制。既要稳定国家对交通科技的现有投入，又要保持稳定增长，其增长速度应不低于中央和地方交通经常性收入的增长水平。
第三节 加强收费公路管理
认真贯彻《
收费公路管理条例》。进一步理顺收费公路管理体制，正确界定政府在收费公路管理上的职责，合理设置管理机构。通过对收费政策的调整和完善，实现合理控制收费公路规模、合理确定收费标准，充分发挥收费公路在公路建设中的重要作用。
第二章 深化交通改革
第一节 理顺交通基础设施国有资产管理体制
依法对高速公路国有资产实施有效监管，构建高速公路国有资产管理体系。充分发挥交通部门监管公路资产的专业优势，各级交通部门要制定国有资产监管机制，理顺行业监管和运营主体之间的关系，保证公共利益不受侵害，对授权范围内的国有资产代行出资者权利，监督考核国有资产利用效率情况，防止国有资产收益外溢。
配合国有资产管理体制改革，逐步理顺港口行政管理系统、资产管理及国有企业之间的关系。明晰国有港口企业产权关系，属于港口公共基础设施和公共产品的交由政府港口行政部门管理，经营性设施中的国家投资纳入国有资产管理系统，由国有企业负责国有资产的保值增值。
第二节 深化公路和航道养护管理机制改革
努力实现公路和航道养护中管理与生产的分离或部分分离。积极培育养护市场，引入竞争机制，提高养护生产效率和资金使用效率。
改革公路养护管理机制。高度重视公路养护管理工作，特别是要重视非收费公路及农村公路的养护资金问题。省级交通主管部门负责本省范围内的公路管理，制定具体政策和法规，落实养护资金，培育并监管养护市场。根据国务院批准的《农村公路管理养护体制改革方案》，加强农村公路管理养护体制和运行机制，明确职责，建立健全以县为主的农村公路管理养护体制；建立稳定的农村公路养护资金渠道，加强资金使用管理；实行管养分离，推进公路养护市场化；完善配套措施，确保改革平稳进行。
第三节 完善沿海港口管理体制改革
各级港口行政管理部门要按照《
港口法》的规定，全面承担起法律赋予的各项港口管理职能，建立、健全港口管理机构，做好港口行政管理工作，推进港口持续、健康、快速发展。
第三章 加强法制建设
第一节 完善交通法规体系
完善交通法规制定机制，加强立法协调和立法研究，加快立法步伐，开展《道路运输法》、《航道法》的立法准备工作。在“十一五”期间重点解决规范、促进和保障交通工作的法律依据问题，尽快确立包括基础设施建设和管理、运输服务、运输安全等在内的交通法规体系，使各项交通事业都做到有法可依，完成公路水路交通法规子系统的法律或者主要行政法规制定；使已经制定完成的有关公路水路交通法律之间、法规之间相互协调，避免冲突。
第二节 依法行政，加强监管
严格执行
行政许可法，依法设定和实施行政许可，并强化对行政许可的监督检查。制定加强交通行政执法队伍建设的规划、措施和实施意见，结合结构改革，调整和优化执法干部队伍结构，努力培养一支政治强、业务精、作风正的交通行政执法队伍，切实加强交通行政执法队伍建设，努力提高交通部门依法行政的水平。
严格执行交通法律、法规，树立正确的管理理念，综合运用经济、行政和法律手段，对市场进行必要的监督和调节，制定标准统一、程序公开并有法律保障的监管政策，采取有效手段保证市场秩序，保障利益相关人的合法权益，保证资源得到合理、可循环利用，保证社会整体利益，维护社会公平、公正。
第四章 规范交通运输市场
第一节 建立统一开放的运输市场
进一步整合运输资源，消除行业和地区壁垒，统一市场准入条件，鼓励运输企业异地设置分支机构，允许道路客运企业参与异地客运资源的招投标，推动规范、统一的运输市场建设。
第二节 鼓励运输经营的规模化
以资本为纽带，组建跨地区、跨行业、跨所有制的大型企业和企业集团，实现运输企业规模化、专业化、集约化经营，提高运输企业经营效益、增强抵御风险的能力。鼓励港口建设与经营领域企业间联合经营、紧密合作，建立长期稳定的合作关系。
第五章 加强规划指导
第一节 重视规划严肃性
