启动京杭运河江南段按三级航道标准建设工程，提高航道通过能力；继续实施苏北运河二级航道建设工程，对湖西航道进行整治；结合南水北调东线工程，实施济宁至东平湖航道建设工程。
按三级航道标准建设长江三角洲高等级航道网，重点建设通往上海国际航运中心主要集装箱港区的内河集装箱运输通道及缓解京杭运河堵航的项目，加快赵家沟、大浦线、大芦线、长湖申线、杭甬运河、湖嘉申线、杭平申线、杭申线、锡溧漕河、芜申线、苏申外港线、苏申内港线等航道建设步伐。
实施顺德水道、洪奇沥水道、东江下游航道、白坭水道、东平水道、崖门水道等航道整治工程，基本建成珠江三角洲高等级航道网。
继续实施嘉陵江沙溪、凤仪场和苍溪航电枢纽，联合建设湘江长沙枢纽，启动汉江、赣江航电枢纽工程，结合南水北调中线工程实施，启动引江济汉通航工程建设；适当安排资水、香溪河等其他有效益的支流航道建设；实施右江那吉、鱼梁、老口航电枢纽工程；继续推进红水河复航工程；加快淮河水系主要支流航道沙颍河、涡河、沱河航道建设步伐。继续实施松花江梯级开发建设工程，建设依兰航电枢纽。继续扶持非水网地区和少数民族地区水运发展。
以公用、专业化集装箱等泊位建设为重点，实施重庆、岳阳、长沙、宜昌、武汉、九江、南昌、杭州、嘉兴、湖州、苏州、常州等主要港口码头建设工程。支持边境口岸水运设施建设。
第二章 大力促进交通协调发展
--促进区域交通协调发展
东北老工业基地：按照“强化功能、优化结构、突出重点、注重实效”的思路，紧紧围绕东北地区城镇布局、产业基地和资源分布，以跨省区公路水路基础设施建设衔接为重点；优先建设进关出海、省际衔接、港口集散、资源开发和边贸口岸运输通道；增强沈阳、大连、长春、哈尔滨等中心城市的聚集和辐射功能，促进区域交通一体化；配合大连东北亚国际航运中心建设，全面提高大连港综合货物通过能力；加强松花江航道和界河边贸码头、江海联运码头的建设。
环渤海地区：积极推进三大城市群间的高速公路通道建设；强化集装箱、铁矿石、煤炭、原油四大专业化运输系统及相应的大型专业化码头；加快京津冀都市圈城际高速公路和天津港等主要港口连接腹地的快速集疏运通道建设，为2008年北京奥运会和天津滨海新区的发展创造良好交通条件。
长江三角洲地区：坚持高起点、高标准，重点建设以上海国际航运中心为龙头、以长江黄金水道和长江三角洲高等级航道网为主要疏运通道的集装箱运输系统、外贸铁矿石及原油海进江中转运输系统和江海物资转运系统；优先建设以国家高速公路为骨架的高速公路网，扩大区域内大城市间和区域对外运输通道容量。加速提升交通现代化管理和服务水平，长江三角洲核心区率先实现交通运输现代化。
泛珠江三角洲地区：以加速推进公路水路交通一体化为主线，优先强化珠三角核心区对外辐射通道建设，加强省际之间、内地与港澳之间高速公路通道、沿海港口快速集疏运通道建设，深化琼州海峡公路通道研究论证；重点加强沿海主要港口的大型化、集约化、多功能等专业化港区及与其相匹配的进港深水航道建设；加强内河高等级航道建设，着力提高海船进江和江海直达的运输能力；加快推进西江航运干线和西南水运出海南、中、北三线通道的建设；加强西南省区与东盟之间的国际运输通道建设。按照“突出港口、强化通道、协调推进”的基本思路加快海峡西岸公路水路交通基础设施建设。
中部地区：以强化高速公路、长江黄金水道等主要通道和枢纽作用为主线，按照“强化通道、完善网络、突出枢纽、注重服务”的思路，加快推进中部地区交通发展。优先加快沟通东中西部地区、连接省际和区域中心城市、通往重要交通枢纽和重要能源生产基地及主要旅游景区的国家高速公路建设；强化长江水系、淮河水系国家高等级航道的建设，加快集装箱、多用途码头和散货专业化码头建设。
西部地区：进一步加快公路水路交通基础设施建设步伐，确保2010年打通西部8条省际公路通道，到“十一五”末使西部地区公路水路交通取得突破性进展。加快推进国家高速公路网建设，优先建设与东、中部联系的省际通道和出海通道，进一步改善西部地区与周边国家联系的公路交通条件，加快建设长江黄金水道、西江航运干线扩容工程，推进澜沧江－湄公河跨境水上通道建设。积极发展效益较好的支流航道。支持重庆更好地发挥长江上游货物集散中心的作用。
--促进城乡交通协调发展
实施千亿元建设工程，确保“十一五” 中央投资1000亿元，改建农村沥青水泥路51.5万公里。其中，东部地区中央投资100亿元，建设通村沥青（水泥）路10万公里；中部地区中央投资430亿元，建设通村沥青（水泥）路30万公里，通乡镇沥青（水泥）路5000公里；西部地区中央投资470亿元，建设通乡镇沥青（水泥）路约11万公里（未含西藏规模）。
加快农村公路渡口改造，2010年，现状汽车渡口基本完成渡改桥；其它渡口基本建成人行桥或建成规范码头，全面改善农村渡口运输条件，基本解决农村水路出行难问题。
加快乡镇客运站点建设，“十一五”期建设乡镇客运站1.5万多个。
--促进综合运输协调发展
充分发挥公路、水路、铁路、航空等多种运输方式的互补作用，促进客、货综合运输网络的建设，逐步推进一体化运输。
结合各种运输方式的技术经济特性，以港口和枢纽站场为衔接点，切实加强综合运输大通道规划和建设的协调工作，在有条件的中心城市和港口城市建设综合型客、货运输枢纽，推进综合运输枢纽站场示范工程建设，逐步推进各种运输方式便捷衔接。
