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重大项目：
（1）清洁生产与循环经济关键技术研究及示范。
重点突破15～20项发展循环经济的共性技术、重污染行业清洁生产关键技术和工艺以及绿色产业链构建技术，开发30项大宗工业固体废弃物安全处理处置与资源化关键技术及关键装备，选择5～7个典型工业园区进行生态工业技术示范，为建立资源节约型、环境友好型社会提供技术支持。主要研究内容包括：节水、节能、分离、生物催化、生态材料和绿色化学工程等共性关键技术和产品绿色设计技术，化工、冶金、轻工等重点行业清洁生产关键技术与工艺，固体废弃物高效分选、不同废弃物优化组合综合利用技术，废物低值热量利用技术，有机废弃物高温处理与能量利用技术，废旧产品拆解与再制造技术，大型企业与工业园区发展循环经济的总体设计技术。
（2）典型脆弱生态系统重建技术及示范。
针对典型脆弱生态区存在的突出生态问题，开发10项脆弱生态系统综合治理技术与模式，进行脆弱生态系统重建技术集成与示范，加强技术和模式推广；建立脆弱生态系统生态环境基础数据库和信息平台，实现数据共享，开展脆弱生态区生态综合评估与技术评价体系研究。主要研究内容包括：典型脆弱生态系统生态环境评价所必需的指标体系和方法、典型脆弱生态区天然植被保育与恢复技术、典型脆弱生态区生物与工程防治技术、典型脆弱生态区水资源及土地资源保护和高效利用技术、重大工程沿线生态保护系统技术。
4．农业。
发展思路：统筹城乡经济社会发展、建设现代农业、发展农村经济、增加农民收入、建设社会主义新农村，是全面建设小康社会的重大任务。针对农业增产、农民增收、农产品竞争力增强的艰巨任务，农业环境恶化的趋势，食物安全、生态安全正面临的日益严峻挑战，迫切需要强化农业科技创新，把科技创新作为加快解决“三农”问题的一项根本措施。“十一五”期间，把增强农业科技的自主创新能力作为调整农业产业结构、转变农业经济增长方式的中心环节，把加快农业从粗放经营向集约经营的转变、增加粮食产量、改善农产品质量、提高农产品生产效益放在突出位置，通过高新技术带动传统农业技术升级；加快畜牧、水产、奶业、海洋农业等产业技术的发展和升级，开发农林生物质技术，培育生物质产业；加快开发食品加工技术、绿色供应链技术，延长农业产业链，开拓农民增收和就业的新空间；大力发展循环农业技术，减少污染，提高水、土、肥、药等资源的利用效率；加快农业环境保护与退化环境修复，保障食品安全和农业生态安全；加快发展农村饮水安全、农村高效清洁能源、农村社区景观设计与环境治理等相关技术，改善农村居民生活质量，为社会主义新农村建设提供科技支撑。
发展目标：培育一批具有自主知识产权的优质高产动植物新品种，实现新品种更新换代；粮食单产年均增长率达到2%以上，畜禽水产的产出效益提高60%以上，海洋农业产值在“十五”基础上翻一番；农产品加工转化能力提高到40%以上，使食品工业总产值与农业总产值的比例提高到1.5：1以上；粮食等主要农产品产后损失率降低到5%以下，水、肥、药等农业投入品的利用率提高10个百分点以上，饲料转化效率提高10%以上，秸秆综合利用率达90%以上；主要农业区农田地力等级普遍提高1～2级，农林重大生物灾害的暴发频率和致灾强度降低50%以上，农作物病虫害损失和畜禽死亡率降低到15%以下，农业面源污染区域综合治理率达到50%以上。在此基础上，农业资源、生态环境技术得到大面积推广应用，农业生态安全保障能力和可持续发展能力显著增强。初步建立起具有中国特色的农业科技创新体系，农业科技自主创新与成果转化能力进一步提升，农业科技自我发展环境显著改善。
重大项目：
（1）农林生物质工程。
以充分利用我国农林生物质材料、促进循环农业发展为目标，以农作物秸秆、林业采伐及加工剩余物、畜禽粪便等农林剩余物及能源植物为主要原料，重点研究高活性糖化酶和纤维素酶制造、共代谢基因工程菌构建、非相变产物分离、分子合成、接枝共聚、生物可燃气高效转化、低成本农林生物质集储、专用能源植物培育等共性关键技术，突破农林生物质转化过程中降解与改性、分离与合成、能源和材料转化等环节的技术瓶颈，构建农林生物质转化创新技术平台。选择重要农林生物质进行深度加工和技术集成、工程化开发及产业化示范，研制开发新技术、新工艺80～100项，形成燃料酒精、生物柴油、生物质材料、生物质固化燃料等农林生物质产品，实现年生产能力60万吨以上，申请农林生物质转化利用发明专利100项，制订生物质产业技术标准、规范50项。通过研究，大幅度提高我国农林生物质的利用效率和产业化水平，为生物质产业的快速发展提供有效的科技支撑。
（2）农林动植物育种工程。
围绕主要农作物、蔬菜、畜禽、林果、水产和花草，创造育种新材料，培育优质专用新品种、超高产新品种和功能型新品种。重点研制杂种优势利用新技术，建立多性状聚合标识技术，完善群体改良、轮回选择等常规技术，制定新品种繁育与推广技术，加快新品种的推广应用。通过项目实施，全面构筑我国主要动植物育种创新体系，整体提升育种水平。形成100～150项拥有自主知识产权的专利技术，在动植物杂种优势利用、性状标识选择、常规育种等技术集成应用方面取得新突破；培育新品种650～700个，获得品种保护权200～300项；主要农作物和林草新品种推广10亿亩以上；畜禽新品种示范规模达到4000万头（只）以上；水产新品种养殖面积达200万亩以上，新增经济效益1000亿元以上。
（3）食品加工关键技术研究与产业化开发。
以主要农产品的大量转化、深度加工、综合开发、循环利用和节能高效为基本内容，立足自主创新，重点围绕分离、修饰、包装材料、加工装备和质控等食品加工的重大共性关键技术问题开展深入研究，为新产品开发和产业化示范提供必要的技术支撑；立足集成创新，重点开展大宗粮油、果蔬、畜禽和水产品加工领域主要农产品的大量转化和工业化关键工艺技术研究、新产品开发与产业化示范，为我国食品工业实现跨越式发展提供技术保障；整合已有优势科技和产业资源，构建粮、油、果蔬、畜、水产品5个特征明显、开放、高效的集产学研于一体的技术创新平台。重点突破12项重大共性关键技术；研制开发10种食品加工关键设备；突破40～50项食品加工新技术；建立100条产业化示范线，培育10～20个优势品牌；申请100～120项专利，创建5个技术创新平台，使我国食品加工技术总体上达到21世纪初的水平。
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