长江、黄河、淮河、海河、珠江、松花江、辽河水利委员会和太湖流域管理局等7个流域机构是水利部的派出机构，国家授权对其所在流域行使水行政主管部门的职责。
二、部长、副部长的职责
根据国务院的授权和水利部的工作要求，部长、副部长的职责如下：
（一）水利部实行部长负责制。部长领导水利部的工作。
（二）部长召集和主持部长办公会议、部务会议和部务扩大会议。水利部工作中的重大问题，必须经部长办公会议或者部务会议讨论决定。日常工作分工负责处理。
（三）水利部发布的决定。命令和行政法规，向国务院报送的文件，涉及部委职能以及较大项目的审批文件，司局级干部任免文件，由部长签署。
（四）副部长按照各自分工或部长的委托，协助部长工作。对于工作中的重要情况和重大事件，要及时向部长报告。对于带方针政策性的问题，要认真调查研究，向部长提出解决问题的建议。
（五）部长、副部长在工作中，要认真贯彻执行党的路线、方针、政策，充分发挥部各职能司局和流域机构的作用。要注重调查研究，一切从实际出发，按客观规律办事；要密切联系群众，深入基层，倾听人民群众的意见，发扬为人民服务的优良传统；要改进机构作风，加强工作计划性、科学性，提高办理效率，克服政府工作中的官僚主义。
（六）部长不在部期间，由指定的副部长代理行使部长职责。
三、会议制度
水利部实行部长办公会议、部务会议、部务扩大会议、部长专题办公会议制度。
（一）部长办公会议由部长、副部长、总工程师、副总工程师、办公厅主任组成，由部长或部长委托的副部长召集。会议的主要任务是：（1）讨论决定水利部工作中的重大问题；（2）讨论决定各司局请示的重要事项；（3）研究处理本部日常工作中的重要问题。
部长办公会议一般每月召开一次。
（二）部务会议由部长、副部长、总工、副总工、各司局长（主任）组成，由部长或部长委托副部长召集。会议的主要任务是：（1）传达中央国务院的重要会议精神及指示；（2）决定和部署水利部的重要工作；（3）讨论研究报请国务院审定的重要议案；（4）讨论由部发布的行政法规；（5）讨论其他需要部务会议研究的事项。
部务会议，一般每两个月召开一次。
（三）部务扩大会议由部长、副部长、部总工、各司局正副司局长（正副主任）、在京直属司局级企事业单位负责人组成。会议的主要任务是：（1）传达中央、国务院的重要指示精神，部署本部的工作；（2）通报本部的形势，协调各部门工作；（3）就一些重大问题征求各部门、各单位的意见。
