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动物防疫体系是一个由兽医管理体制、队伍与基础设施三方面组成的，以行政机构为核心、以兽医官制度为基础、以技术支持为保障的有机整体。
动物疫病防控的技术路线要点是：首先要进行免疫；其次要进行疫情监测，监测中未见异常的通过检疫后进入交易市场或屠宰加工，监测中发现动物疫情或疑似疫情的，进行疫情报告；第三，由各级疫病预防控制中心、国家参考实验室和区域性实验室进行诊断，根据诊断结果划定疫点、疫区和受威胁区；第四，对疫区进行强制封锁，并按有关规定实施强制扑杀、无害化处理和消毒，同时通过流行病学调查追溯疫源，并加强效果监测；第五，在一个潜伏期后经验收合格解除封锁，逐步恢复生产和交易。根据上述技术路线，动物防疫体系可从纵向与横向两个方面构建：
从纵向看，动物防疫体系由中央、省、地、县、乡五级构成。其中，中央与省级侧重重大疫情的监测预警、扑灭与控制计划的制定与组织实施、提供高端技术支撑等。地、县、乡级主要承担本区域范围内的动物防疫、检疫、监督和扑灭等任务。通过建设，形成全国动物疫病预防与控制、动物及其产品的卫生安全和疫情追溯网络。
从横向看，动物防疫体系由动物疫病监测预警、预防控制、防疫检疫监督、兽药质量监察和残留监控，以及防疫技术支撑和物资保障等6个子系统组成，这6个方面相互作用、环环相扣，构成动物防疫体系的整体。
（一）重大动物疫病监测预警系统
重大动物疫病监测预警系统是动物防疫体系的基础，由国家动物疫情监测中心、国外动物疫情信息中心、省级动物疫情监测中心、地县级动物疫情测报站、边境动物疫情监测站和野生动物疫源疫病监测站等组成，构成完整的国家动物疫情监测预警网络，承担对重大动物疫病的动态监测、信息分析及疫情早期预警预报的任务。
（二）动物疫病预防控制系统
动物疫病预防与控制系统是动物防疫体系的核心，包括国家动物疫病预防控制中心、省级动物疫病预防控制中心和县、乡级动物防疫站。国家动物疫病预防控制中心负责对全国重大疫情、新发和外来动物疫病快速反应及实时动态指挥。省级动物疫病预防与控制中心负责对本省范围内重大动物疫病和突发事件快速反应与适时动态指挥。县级动物防疫站承担基层动物疾病预防控制、突发疫情快速反应和紧急处置的任务。乡镇兽医站主要承担实施强制免疫、动物疫情的监测、应急处置等工作，同时承担辖区内的动物检疫工作。
（三）动物防疫检疫监督系统
动物防疫检疫监督系统承担监督执法职能，包括中央、省、地、县、乡五级动物防疫检疫监督机构，省际间动物防疫监督检查站以及出入境动物及动物产品的查验、检疫、隔离和处理设施等。动物防疫检疫监督机构负责对动物饲养、流通、屠宰、加工的全过程监督管理，对动物防疫及动物产品安全质量进行追踪溯源。省际间动物防疫监督检查站承担控制和阻断跨地区动物疫情传播和扩散任务。出入境动物及动物产品的查验、检疫、隔离和处理基础设施用于防止重大动物疫病的传入传出。
（四）兽药质量监察和兽药残留监控系统
兽药质量监察和兽药残留监控系统包括国家兽药残留基准实验室、国家级兽药安全评价实验室、国家兽药标准物质制备中心、进出境药物残留监控机构，以及省级兽药质量监察和兽药残留监控机构等。国家级基准实验室、标准物质制备中心和安全评价中心承担兽药残留检测方法的制定、兽药停药期的制定、残留检测基准物质制备和标定、残留检测的最终技术仲裁、残留检测技术培训、耐药性监测和兽药对环境不良影响研究等任务。省级兽药质量监察和兽药残留监控机构实施对生产、经营、使用各环节兽药质量的监察和对动物产品兽药残留的监控工作。进出境药物残留监控机构负责出入境动物产品药物残留监控工作。
（五）动物防疫技术支撑系统
该系统承担着重大动物疫病的确诊及流行病学基础性研究等工作，为动物防疫工作提供技术支持。主要内容包括口蹄疫、禽流感、新城疫、猪瘟、炭疽和外来动物疫病等国家重大动物疫病参考实验室，口蹄疫、禽流感等区域性专业诊断实验室，出入境动物检疫诊断实验室，国家兽医微生物中心，水生动物疫病重点实验室、病原库以及以教学科研单位为依托的其它动物疫病诊断实验室。
（六）动物防疫物资保障系统
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