“工程”试点工作的组织实施以省级为主，由省级教育、财政和农业部门（农村能源主管部门）共同拟订实施方案并组织实施。
教育部门的主要职责是：严格按照“工程”立项条件，提出符合“工程”要求的项目地区和学校；会同财政和农业部门确定符合“工程”要求的项目地区和学校、审定项目地区和学校，按照程序下发项目申报通知；会同有关部门制订出符合当地实际的“工程”实施方案，并组织实施、验收等工作；会同农业部门做好项目的后续管理工作。
财政部门的主要职责是：会同教育、农业部门确定符合“工程”要求的项目地区和学校，根据“工程”立项条件，审定、批复项目；按照“工程”建设模式和标准，审定“工程”预算；制定“新农村卫生新校园建设工程”资金管理暂行办法；做好“工程”资金管理工作，专款专用；根据“工程”进度，按时调配、拨付资金。
农业部门（农村能源主管部门）的主要职责是：会同教育、财政部门确定符合“工程”要求的项目地区和学校；负责“工程”实施的技术指导、建设规范和技术标准。
五、“工程”试点工作要求
各地务必确立安全第一的思想，确保施工建设安全。设计、施工、监理人员必须经过培训并取得相应的国家职业资格证书，沼气技术人员必须持有高级工以上沼气生产工国家职业资格证书，实施持证上岗，执业准入。设施建成后要由专人负责，确保沼气系统安全、高效和长久的运行。
本次试点工作时间紧，任务重，各省级教育、财政和农业部门必须高度重视、密切配合、统筹安排，扎扎实实地做好项目建设，确保试点工作顺利实施与工程建设的安全，达到预期效果。试点地区和学校要本着“边推进、边总结、边完善”的原则，及时总结经验和不足，为下一步在全国推广实施这项“工程”奠定良好基础。
教育部、财政部和农业部将适时对各地“工程”试点工作进行监督检查，对因工作不力，措施不到位或挤占、挪用、截留专项建设资金的，将严肃查处，并依法追究责任。
请各省级教育行政部门会同财政和农业部门将本省份试点工作的总体情况及预期效益分析形成书面报告，同时填写工程投资情况总表及项目学校备案表（详见附件1、2），于2007年4月30日前报送教育部（财务司）、财政部（教科文司）和农业部（科技教育司）备案，并将电子文本（在主题中标注“新农村卫生新校园建设工程”字样）发送至电子邮箱：教育部财务司cws530@moe.edu.cn；财政部教科文司mofjyc1342@yahoo.com.cn；农业部科技教育司kjsnyc@agri.gov.cn。
