第二十四条 课题承担单位应当严格按照本办法规定的课题经费开支范围和标准办理支出。严禁使用课题经费支付各种罚款、捐款、赞助、投资等，严禁以任何方式变相谋取私利。
第二十五条 课题承担单位应当按照规定编制课题经费年度财务决算报告。课题经费下达之日起至年度终了不满三个月的课题，当年可不编报年度决算，其经费使用情况在下一年度的年度决算报表中编制反映。课题决算报告由课题承担单位财务部门会同课题负责人编制。课题决算报告按程序经审核、汇总后，于次年的4月20日前报送组织实施部门。
第二十六条 在研课题的年度结存经费，结转下一年度按规定继续使用。课题因故终止，课题承担单位财务部门应当及时清理账目与资产，编制财务报告及资产清单，按程序经审核、汇总后报送组织实施部门，由组织实施部门组织进行清查处理，结余经费（含处理已购物资、材料及仪器、设备的变价收入）收回组织实施部门，由组织实施部门按照财政部关于结余资金管理的有关规定执行。
第二十七条 预算执行过程中实行重大事项报告制度。在课题实施期间出现课题计划任务调整、课题负责人变更或调动单位、课题承担单位变更等影响经费预算执行的重大事项，课题负责人、课题承担单位应当及时按程序报组织实施部门批准。
第二十八条 专项经费形成的固定资产属国有资产，一般由课题承担单位进行管理和使用，国家有权调配用于相关科学研究开发。专项经费形成的知识产权等无形资产的管理，按照国家有关规定执行。
专项经费形成的大型科学仪器设备、科学数据、自然科技资源等，按照国家有关规定开放共享，以减少重复浪费，提高资源利用效率。
第五章 监督检查
第二十九条 财政部、组织实施部门对专项经费拨付使用情况进行监督检查。
第三十条 组织实施部门会同财政部组织专家或委托中介机构对专项经费的使用和管理进行专项财务检查或中期评估。专项财务检查和中期评估的结果，将作为调整项目（课题）预算安排、按进度核拨经费的重要依据。
第三十一条 项目（课题）完成后，项目牵头（主持）单位或课题承担单位应当及时向组织实施部门提出财务验收申请，财务验收是进行项目（课题）验收的前提。组织实施部门负责组织对项目（课题）进行财务审计与财务验收，财务审计是财务验收的重要依据。
