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长期以来，广大农村地区生活垃圾、生活污水、畜禽养殖和农业废弃物任意排放的问题未引起根本重视，人畜粪便、生活垃圾和生活污水等废弃物大部分没有得到处理，随意堆放在道路两旁、田边地头、水塘沟渠或直接排放到河渠等水体中，使“污水乱泼、垃圾乱倒、粪土乱堆、柴草乱跺、畜禽乱跑”、“室内现代化，室外脏乱差”成为一些农村环境的真实写照。相关调查表明，全国农村每年产生生活污水约80多亿吨，生活垃圾约1.2亿吨，大部分得不到有效处理，严重污染了农村地区居住环境，直接威胁着广大农民群众的生存环境与身体健康。同时，畜禽养殖废弃物和农业秸秆的综合利用率不高，畜禽粪便任意堆放和排放、秸秆就地焚烧现象较为普遍。在我国农村现代化进程较快的一些地区，则存在着城镇和农村聚居点与工业区混杂，基础设施建设和环境管理落后于经济和城镇化发展水平的现象。
2、城市工业污染向农村转移趋势加剧
近年来，随着我国现代化、城镇化进程的加快以及城市人口规模的扩大，加之产业梯级转移和农村生产力布局调整的加速，越来越多的开发区、工业园区特别是化工园区在农村地区悄然兴起，造成城镇工业废水、生活污水和垃圾向农村地区转移的趋势进一步加剧，工业企业的废水、废气、废渣等“三废”超标排放已成为影响农村地区环境质量的主要因素。一些城郊地区已成为城市生活垃圾及工业废渣的堆放地，全国因固体废弃物堆存而被占用和毁损的农田面积已超过200万亩。特别是乡镇工业企业布局分散、设备简陋、工艺落后，企业污染点多面广，难以监管和治理，因污染引发的民事纠纷事件呈上升趋势，环保纠纷已成为继征地、拆迁之后又一影响社会稳定的新问题。
3、土壤污染问题已对食品安全构成严重威胁
一些地区由于长期过量使用化学肥料、农药、农膜以及污水灌溉，使污染物在土壤中大量残留，直接影响土壤生态系统的结构和功能，使生物种群结构发生改变，生物多样性减少，土壤生产力下降，土壤理化性质恶化，影响作物生长，造成农作物减产和农产品质量下降，对生态环境、食品安全和农业可持续发展构成威胁，土壤污染的总体形势相当严峻。据不完全调查，目前全国受污染的耕地约有1.5亿亩，占耕地总面积的1／10以上，其中多数集中在经济较发达地区。
土壤污染带来了严重后果：一是影响耕地质量，造成直接经济损失。据估算，全国每年因重金属污染的粮食达1200万吨，造成的直接经济损失超过200亿元。二是影响食品安全，威胁人体健康。土壤污染造成有害物质在农作物中累积，并通过食物链进入人体，引发各种疾病，最终危害人体健康。三是影响农产品出口，降低国际竞争力。上世纪90年代以来，因农药残留和重金属含量超标，农产品出口被外方退货、索赔和终止合同的事件时有发生，部分传统大宗农产品也被迫退出国际市场。特别是我国加入世贸组织以后，发达国家对我国出口农产品要求提高，出口压力增大。
由于土壤污染具有累积性、滞后性、不可逆性的特点，治理难度大、成本高、周期长，将长期影响经济社会的发展。土壤污染问题已经成为影响群众身体健康、损害群众利益、威胁农产品安全的重要因素。
4、农村饮水安全保障程度低
由于城乡发展二元结构的存在，农村用水的保障优先性低于城市和工业用水，水源性缺水和水质性缺水并存，主要表现为：供水保证率低、水质不达标、水型地方病严重等。据初步统计，农村自来水普及率尚不到40%，仅有14%的村庄有供水设施，而且用水器具质量和供水效率低，处理设施简陋，约有3.2亿农村人口饮水不安全，其中1.9亿人的饮用水有害物质含量超标，6300多万人饮用高含氟水，3800多万人饮用苦咸水，饮水含氟量大于2mg/L的人口约占病区总人口的40％。饮水不安全导致一些农村地区疾病流行。据调查，我国一些沿江农村地区，由于受大量工业污水和生活污水的污染，出现了“癌症高发村”。因饮用水问题，一些农村地区出现了斑牙病、结石、皮肤病等疾病。
农村现有的浅水井和水窖的环境卫生问题也较为突出，据对234个农村供水站的饮用水卫生监测表明，其细菌指标合格率仅为8.81%。京、津、唐地区69个乡镇地下水和饮用水取样分析表明，硝酸盐含量超过饮用水标准的占一半以上。
5、农业生产废弃物综合利用率低，面源污染问题突出
随着我国农业生产能力大幅度提高，畜禽养殖业污水、粪便、作物秸秆以及残留农膜等农业生产过程中产生的废弃物大量增加。初步估算，我国每年产生各类农作物秸秆约6.5亿吨，每年畜禽粪便排放总量达25亿吨，农膜年生产量达130万吨，使用农膜的耕地面积已突破亿亩。但调查显示，40%以上农作物秸秆未被有效利用，农膜年残留量高达45万吨，大多数养殖场粪便、污水的贮运和处理能力不足，许多规模化养殖场没有污染防治设施，大量粪便、污水未经有效处理直接排入水体，造成严重的环境污染。
施肥、施药配套技术和器械不完备，加之农民缺乏科学使用农药、化肥的知识，造成农用化学品大量浪费并直接污染环境。据统计，我国农药的年施用量已高达132万吨，其中，高毒农药占70％；化肥施用量达4412万吨，其中氮肥施用量高达到2200万吨左右，有机肥施用量仅占肥料施用总量的25%。在东南部沿海一些经济发达地区，化肥施用水平已高达每公顷600公斤以上，化肥利用效率却维持在35％左右的较低水平。
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