生态功能区划工作逐步推进。从2001年-2003年，先后完成西部、中东部生态环境现状调查，基本查清了全国生态环境现状。编制了《全国生态功能区划》草案和《国家重点生态功能保护区规划》。按照《全国生态环境保护纲要》的要求，抢救性地开展了18个国家级生态功能保护区建设试点，使一些对于维护国家生态安全具有重要意义的区域得到初步保护。部分地区划定了一批地方级生态功能保护区，进行保护和建设。
自然保护区建设管理取得新进展。“十五”期末，全国共建立各种类型、不同级别的自然保护区2349个，其中国家级自然保护区243个，总面积已达150万平方公里，占陆域国土面积的15%，超额完成了“十五”13% 的计划目标。已建自然保护区涵盖了我国自然保护区分类系统中的全部9种类型，覆盖了我国的各个生物地理区域，初步形成了类型多样、区域分布比较合理的自然保护区网络。
生物多样性履约和管理进一步强化。国家环保总局组织编写了《中国履行〈生物多样性公约〉第三次国家报告》，完成了我国核准《生物安全议定书》的程序，并于2005年9月6日正式成为生物安全议定书的缔约方，制订了《中国国家生物安全框架》，印发了《
加强外来入侵物种防治工作的通知》，联合有关部门发布了《中国第一批外来入侵物种名单》。国务院办公厅在2004年3月发布了《关于
加强生物物种资源保护和管理的通知》，建立了生物物种资源保护部际联席会议制度，组织开展了多项生物多样性保护和生物安全管理的国际合作项目。
生态保护监管与执法工作得到加强。“十五”期间，国家环保总局在全国107个地区开展了生态环境监察试点工作，印发了《关于加强资源开发生态环境保护与监管工作的意见》，加大了对自然保护区、饮用水源地、农村、非污染性建设项目及淡水与海洋资源、矿产资源、林草资源、旅游资源、滩涂与湿地等重点资源开发和外来物种引进、转基因生物应用的生态监管与执法检查力度，强化对流域开发和跨区域基础设施建设的生态环境影响评价工作。2004年，在全国范围内开展了矿山生态环境保护专项执法检查与自然保护区专项执法检查行动。
农村环境污染防治得到重视。国家环保总局先后印发了《畜禽养殖业污染防治管理办法》、《畜禽养殖业污染物排放标准》和《规模化畜禽养殖业污染防治技术规范》。联合
建设部颁布了《小城镇环境规划编制导则（试行）》。制定了《有机食品技术规范》和《
国家有机食品生产基地考核管理规定（试行）》，会同商务部等11个部委联合印发了《关于
积极推进有机食品产业发展的若干意见》，命名了一批国家有机食品生产基地。大力开展农村环境综合整治，加强农业面源污染防治工作，秸秆禁烧工作取得一定成效，正在研究制定《农村小康环保行动计划》。
生态示范创建工作得到深入开展。“十五”以来，我国逐步形成了生态省-生态市-生态县-环境优美乡镇-生态村的系列生态示范创建体系。“十五”期末，共批准528个生态示范区建设试点，其中233个被命名为“国家级生态示范区”，海南、吉林、黑龙江、福建、浙江、山东、安徽、江苏、河北等9个省开展了生态省建设，广西、四川生态省建设规划纲要已经通过专家论证，辽宁、天津等省（市）正在组织编制生态省建设规划纲要。全国有150余个市（县、区）开展了生态市（县、区）创建工作。在农村开展了创建环境优美乡镇和生态村活动，目前全国已有五批225个镇（乡）获得了“全国环境优美乡镇”称号。
