结算应急指令的接收时间为营业日的9：00至16：30。如遇支付系统清算窗口开启，结算成员需要以债券交易方式融通清算头寸时，应使用应急方式办理结算，结算应急指令的接收截止时间延长到17：10。
结算指令发送方可通过客户端使用修改指令直接对处于“待复核”、“待确认”和“非法”状态的结算指令进行修改。
对处于“待复核”或“待确认”状态的结算指令，发送方可通过客户端使用撤销指令进行撤销。
除回购到期合同外，交割日前处于“待履行”状态的其他结算合同可以被撤销。回购业务的首期结算合同如果被撤销，其对应的到期结算合同也同时被撤销。
要求撤销结算合同时，由付券方通过客户端向簿记系统发送撤销合同指令，经收券方确认后簿记系统方予以处理。
在交割日日间，当买断式回购业务首期合同所指定的用于履约保障的债券在一方债券账户中可用余额不足时，则该项合同立即失败；所有辅助合同如因要素或条件未满足，一次履行不成功则立即失败。
在交割日日终，如果结算基本合同的执行条件仍不具备，如用于结算的债券可用余额或款项不足，以及簿记系统未收到相关确认指令（如付款确认指令）而无必要的辅助合同，则该项合同失败。回购业务的首期合同结算失败，则到期合同同时被作废。
由于资金在途原因，采用见款付券结算方式的结算合同如果在交割日日终合同状态仍为“等款”，允许结算合同延长到交割日次一工作日继续履行，如果在交割日次一工作日日终仍未收到付券方的收款确认，则结算合同失败。
发生结算失败时，相关结算成员通过客户端可提取失败通知单。
质押式回购业务到期出现失败时，如逆回购方已收到正回购方所归还款项，且到期合同采用见款付券结算方式，结算成员双方可采用质押式回购逾期返售业务方式处理。质押式回购逾期返售指令由逆回购方向簿记系统发送，正回购方进行确认。
因簿记系统出现故障致使业务处理暂时中断时，中央结算公司将启动《中央债券簿记系统故障应急结算业务处理预案》，结算成员应予以密切配合。
第七章 丙类成员结算业务处理
根据中国人民银行的规定，作为结算代理人的甲类成员在为丙类成员办理债券结算代理业务前，双方应签署代理结算协议。丙类成员以自身名义开立债券账户的手续由其委托的甲类成员代为在中央结算公司办理。
