结算成员结算指令的正常发送、生成和确认方式有以下几种：
（一）结算指令由付券方向簿记系统发送，收券方进行确认；
（二）分销过户指令由向其他结算成员分销债券的债券承销商向簿记系统发送，簿记系统通过合法性检查后执行，无需对手方确认。
采用下列结算方式时，应注意使用相应的辅助确认指令：
（三）采用券款对付结算方式时，结算成员双方可选择是否需付款方开户行对结算款项支付进行直接借记确认，如不需确认，则交割日簿记系统直接根据结算合同进行券款对付结算处理；如需确认，则付款方开户行应在交割日及时对结算合同发送直接借记确认指令，对结算款项的借记转账进行确认。结算成员通过资金清算代理行办理债券结算即时转账业务，只能选择需对结算款项支付进行直接借记确认的方式。
（四）采用见券付款结算方式时，交割日收券方应在对方券足且向对方支付款项后及时发送付款确认指令。
（五）采用见款付券结算方式时，交割日付券方应在收到对方款项后及时发送收款确认指令。
簿记系统对收到和经确认的结算指令进行检查和处理，并实时将结算指令的执行状态向结算成员提示。簿记系统对经确认且状态为“合法”的指令生成结算合同。
所有结算合同中的每项要素均不可修改。回购到期合同以及在交割日已处于非“待履行”状态的结算合同不可撤销。
簿记系统向结算成员实时提示结算合同的执行状态。
对于回购业务，簿记系统生成首期结算合同和待生效的到期结算合同，首期结算合同执行成功后，到期结算合同生效并于到期交割日执行。
簿记系统执行“券款对付”结算合同的程序是：簿记系统确认“券款对付”结算合同有效（在选择需对结算款项支付进行直接借记确认方式下，簿记系统应已收到付款方开户行的直接借记确认指令），并将合同中指定用于结算的债券以“待付”形式锁定后，根据结算合同中结算双方的有关信息及款项支付要素生成即时转账报文发至支付系统，由支付系统据以实时办理双方资金账户之间的借、贷转账并反馈簿记系统，簿记系统完成债券结算。
簿记系统按照结算合同中的约定要素对每个正常合同完成结算后，相关结算成员通过客户端可提取交割单。
第六章 非正常情况处理
结算成员遇客户端技术故障不能立即修复或其他问题无法及时通过客户端以电子形式发送结算指令时，应按照《债券交易结算应急业务处理细则》的规定，以书面传真的方式向中央结算公司发送结算应急指令，委托中央结算公司代为操作。
