4.加强成本费用的管理。严格按照规定的范围、标准计算准予税前扣除的成本、费用和损失。取得与应税收入和免税收入相关的成本费用要分别核算。难以划分清楚的，要合理确定与应税收入有关的支出项目和免税项目有关的支出项目的分摊比例。
5.加强财务会计制度的管理。应要求事业单位、社会团体和民办非企业单位严格执行非营利组织会计制度。转制为企业的，应严格执行企业会计制度。
6.加强审核工作。对纳税申报中的应税收入、免税收入与财务报表、日常管理信息进行审核比对。分析扣除项目纳税调整情况、各支出项目的合理性。
（三）涉及特别涉税事项的纳税人
特别涉税事项主要包括减免税、连续3年亏损、经营规模大（如资产、销售额大等）但连续多年微利或亏损、改组改制、交易额较大的关联事项等。
1.减免税管理。对减免税事项，要结合日常管理定期进行实地巡（核）查，主要核查企业是否符合减免税条件；享受定期减免税企业到期后，是否按规定恢复征税；企业实际经营情况是否发生了变化，如发生了变化、不符合减免税标准了，是否取消了减免税资格；是否按规定标准、程序和权限审批减免税；对不需审批的减免税是否按规定备案；是否按期如实申报减免税额等等。
2.连续3年亏损、经营规模大（如资产、销售额大等）但连续多年微利或亏损企业的管理。应在日常管理中加强对影响企业亏损或微利的成本、费用的税前扣除情况审查，重点审查成本、费用扣除凭证的真实性，成本费用分摊的合理性。逐户进行纳税评估，加强与同行业企业所得税税负比较，分析连续亏损或微利的原因是否为正常因素。
3.改组改制管理。重点分析纳税人改组改制适用政策的正确性，是否按规定进行申请和审批，涉及资产转移是否确认资产转让所得或损失，资产计税成本确定是否正确，亏损结转、可抵免税额等其他税收属性处理是否正确。
4.关联交易管理。日常管理中关注关联企业之间业务往来情况，重点分析认定关联企业之间交易价格、费用标准的合理性，关联交易是否按规定申报或报税务机关备案，关联交易是否按公平成交价格进行纳税调整，纳税调整方法选用是否合理。
九、实施企业所得税分类管理的工作要求
（一）加强组织领导，把分类管理工作落到实处
企业所得税实施分类管理，是一项重要的业务工作，各级税务机关应当对此高度重视，将它列入税收工作的重要议程，切实加强领导，组织好企业所得税分类管理各个环节的工作，把各项企业所得税分类管理的措施落到实处。
（二）加强调查研究，摸清企业情况
