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（一）汇总（合并）纳税企业、集团企业及其成员企业
1.审批审核。严格审批企业的财产损失、集中提取管理费、技术开发费、减免税、国产设备投资抵免所得税等申请事项，做好已取消和下放管理的企业所得税审批事项的后续管理工作，建立相应的管理制度和管理台账。
2.信息反馈。定期了解汇总（合并）纳税企业及其成员企业的生产经营情况、财务制度的执行及其变化情况，督促成员企业在规定时间报送“汇总（合并）纳税成员企业纳税情况反馈单”、做好反馈信息的台账管理。
3.关联企业业务往来。根据业务往来的类型和性质，对业务往来交易额进行认真分析认定，评价业务往来是否合理、是否符合一般经营常规，业务往来支付或收取的价款、费用是否符合公平成交价。对不符合公平成交价的，选用相应的方法进行纳税调整。重点加强对业务往来双方中一方处于减税、免税、亏损期，另一方为盈利或征税期的管理，防止汇总（合并）纳税企业及其成员企业利用关联交易避税。
4.就地监管。对汇总（合并）纳税成员企业要严格就地监管，定期进行日常检查，落实查补税款的入库工作，检查处理结果及时通报汇总（合并）纳税企业总部所在地主管税务机关。
5.联合审计。探索有效的税务联合审计工作，加强企业总部和成员企业所在地的税务机关协作，稳步推进跨区域经营的汇总（合并）纳税企业和集团企业及其成员企业的财务管理、生产经营、业务往来情况以及纳税申报的合理性和准确性审核，实现不同地区的税务机关对汇总（合并）纳税企业和集团企业及其成员企业同步开展税务联合审计。
（二）事业单位、社会团体和民办非企业单位
1.加强登记管理。加强同工商、民政、教育、卫生等行政管理部门的联系，确保事业单位、社会团体和民办非企业单位履行法人登记、非营利法人登记、税务登记手续，及时纳入所得税管理。
2.严格免税收入的管理。重点审核财政拨款的证明、政府性基金纳入预算管理或预算外资金专户管理的证明文件，不上缴财政专户管理的财政部门的核准文件、专项补助收入的拨款证明、收取会费的批复文件、政府资助等证明资料。
3.强化非营利性组织的免税管理。非营利性组织必须履行非营利性组织法人登记，不以营利为目的，从事公益性服务活动，机构的财产及其收益不得用于分配，机构注销后的剩余财产应当用于公益目的，投入人对投入的财产不保留或不享有任何财产权利，工作人员及其管理人员的报酬应控制在当地平均水平的一定幅度内，不得变相分配机构的财产。否则不得作为免税管理。
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