由于东西方文化背景、中西医理论体系的差异，中药产品缺乏国际通行标准，尚未建立起一整套符合中药特色、符合国际规则的质量检测方法和质量控制体系，中药资源没有充分发挥。
5、能耗大、污染重以及资源浪费等问题突出
医药行业是环保治理的12个重点行业之一，三废处理、环境保护的压力不断加大。我国大部分化学原料药生产能耗较大、环境污染严重、附加值较低。中药资源保护相关法规建设滞后，中药材的种植及生产方式较落后，缺乏必要的组织，没有形成一定的规模，生产种植过程中缺乏必要的市场信息引导，致使中药材的开发利用处于无序状态。一方面野生药材资源的过度开采，导致部分品种达到濒危的程度，甚至将要灭绝；另一方面因为盲目种植，导致大量积压，造成巨大的资源浪费。大量的中药材以初级产品形式，极低的价格出口，损害了国家利益，不利于中药材行业的健康发展。
二、“十一五”我国医药行业发展面临的形势
（一）国际医药行业发展趋势
1、美欧日控制全球市场，新兴国家市场快速增长
随着经济的发展、世界人口总量的增长、社会老龄化程度的提高，以及人们保健意识的不断增强，全球医药市场持续快速扩大。2005年全球主要国家药品市场规模已达6020亿美元，以7%的速度继续增长，远高于全球经济的增长速度，预计2010年将达到7600亿美元。
北美、欧盟、日本是全球最大的三个药品市场，约占全球药品市场份额的87.7%。从增长趋势看，除北美市场增长比较平缓之外，多数区域市场增长迅猛。2005年欧盟市场增速达到7.1%，日本达到6.8%，上升至自1991年以来增速的最高点，拉丁美洲市场增速高达18.5%，亚洲太平洋地区（日本除外）和非洲市场增速为11%，市场规模达464亿美元。中国成为亚洲太平洋地区的最大亮点，增速达到20.4%，连续3年超过20%，预计将在2009年之前成为全球第七大医药市场。
2、大型跨国集团推动医药经济全球化
目前排名全球前50强的大型医药集团均属美国、日本和欧洲等经济发达国家。这些医药企业凭借雄厚的资本和技术实力，在全球范围内进行了大规模的购并重组，使市场份额增加，市场控制力增强。他们投入巨资进行研发，成果颇丰。通过国际化的市场运作，产品畅销全球。因此，大企业、国际化、畅销产品已成为当代世界医药产业发展的显著标志。
3、国际化分工协作的外包市场正在形成与发展
越来越多的国际医药集团在经济全球化发展的前提下，充分利用外部的优势资源，重新定位、配置企业的内部资源。
为了节省药品研发支出，提高效率，降低风险，推动本土化发展，跨国制药企业将研发网络进一步扩大到临床资源丰富、科研基础较好的发展中国家，研发外包比重不断提高。据预测，2005年全球制药业研发外包（CRO）市场将达到163亿美元，2010年达到360亿美元，年均增长率为16.3%。
由于发达国家环保费用高，传统的原料药已无生产优势，因此，跨国制药企业逐步退出一些成熟的原料药领域，转移到环保要求较低的发展中国家。随着医药制造工艺日趋复杂，为追求企业经营效益最大化，部分企业将生产制造的业务外包出去。2002年全球制药业生产制造外包（CMO）市场规模已达300亿美元，年增长率约为11%。
上世纪90年代以来，医疗器械企业在产品的设计、实验、开发、制造、测试、销售、售后服务等整个产业链各个环节上，重新配置各种资源，调整企业发展定位，实施国际集优化协作分工配套模式，构筑自己的竞争优势，形成了部件制造外包（OEM）、部件设计制造外包（ODM）及生产专业化部件和专业化模块产业。
4、发达国家和跨国医药集团争相发展生物技术
随着以基因工程为核心的生物技术的迅猛发展，全球生物医药产业进入了一个前所未有的全新发展阶段。正如化学医药在20世纪取得的巨大成就推动全球医药产业的高速发展一样，生物医药越来越成为新药创新的主要来源和未来医药产业的发展方向。21世纪将是生物技术世纪，今后的10～20年生物技术产业将进入高速增长阶段，各国政府及众多的大型医药企业，纷纷制定优先发展、重点发展战略，竞相占领生物医药产业的制高点。
5、国际非专利药市场快速发展，竞争加剧
医疗费用增长过快，困扰着包括发达国家在内的各国政府，为了降低医疗支出，各国纷纷鼓励和增加非专利药的使用。随着一些年销售额在10亿美元以上的所谓“重磅炸弹”级药品的专利相继到期，非专利药领域呈现出明显的快速增长趋势。2003年全球非专利药市场为400亿美元左右，年增长率达到20%，远高于专利药市场年增长率，2004年增长虽有所减缓，仍达到10%左右水平，预计2008年市场规模达到800亿美元。与我国医药企业产品结构、技术水平和规模相近的印度制药公司，已通过收购等方式进入欧美国家主流药品市场，在国际非专利药市场开拓上抢得先机。一些大型跨国制药也进入到非专利药市场领域，竞争日益加剧。
（二）加入WTO，国内医药市场更加开放
