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6、医药流通体制改革步伐加快
“十五”期间，我国医药市场消费需求活跃，医药商业销售稳步增长。2004年七大类医药商品销售总值达2571.7亿元。其中，药品类销售1762.5亿元，比2000年增加746.9亿元，年递增14.8%；中药材和中成药销售681.5亿元，2000～2004年递增14.3%；医疗器械类商业销售总额42.6亿元，较2000年平稳增长。
跨地区、跨行业的购并重组加速了医药流通领域的规模化、集约化。连锁经营、现代物流和信息技术的应用，加快了医药流通领域的结构调整和经营方式的现代化。“十五”初期我国由1.6万家医药批发企业精简重组至2004年底的7445家，药店总数超过20万家（包括医药连锁企业在内），其中县及县以上药品零售企业76295家、县以下药品零售企业94899家。2004年医药连锁企业增加到1624家，门店数达6.3万多家，约占我国药品零售市场份额的60%，成为药品零售市场的主要经营方式。民营企业在医药流通领域异军突起，成为流通领域一支重要的生力军。国家支持的医药物流、电子商务项目先后建成投入运行，一批有实力的企业在现代医药物流及信息化建设中脱颖而出。医药第三方物流的出现，为行业及企业提供了更多的选择。随着我国开放医药分销服务领域，外资已经开始试探性地进入我国医药流通领域。
在不断加剧的市场竞争中，医药零售市场保持了较快的发展势头，年增幅在15%左右。随着农村两网建设和新型合作医疗制度改革的推进，农村药品市场也得到了发展。2004年全国七大类医药商品销售中，农村销售额为245亿元，成为我国医药市场新的增长点。
（二）存在的主要问题
1、结构不合理
企业结构不合理。虽然全面实施GMP和GSP认证，淘汰了一批落后企业，但医药企业多、小、散、乱的问题仍未根本解决，具有国际竞争能力的龙头企业仍然十分缺乏。2004年全国医药工业企业4738家，其中小型企业占83.4%。从人均产值衡量，我国大型制药企业人均产值不足30万元，远低于先进国家水平。据中国医药商业协会统计，我国3152家医药商业企业中，年销售额5000万元及以上的重点企业仅500余家，而亏损企业数高达1482家。目前我国医药龙头企业年销售额维持在百亿元左右，与全球医药巨头400～500亿美元的业绩相比，差距甚远。
产品、技术结构不合理。国内厂家仍集中生产一些比较成熟、技术要求相对较低的仿制药品或传统医疗器械产品，同品种生产企业数量众多，产能过剩，重复生产严重，缺乏品种创新与技术创新，专业化程度低，协作性差，市场同质化竞争加剧。以市场销售额最高的抗感染药为例，注册生产阿莫西林的企业多达300余家，注册生产头孢他啶、头孢曲松等产品的企业超百家。截至2005年12月26日，注册生产一类新药加替沙星的企业已达77家。维生素C等老产品也出现盲目扩大生产规模的问题，产品价格一降再降，甚至处于亏损边缘。
产业结构不合理。存在重原料、轻制剂；重工艺、轻装备；重生产、轻配套；重整机、轻部件；重工业、轻流通等问题。
进出口结构不合理。长期以来，我国对外医药贸易没有摆脱以附加值较低、环境污染严重、能源消耗大的化学原料药及常规医疗器械、卫生材料、中药材为主的传统出口模式，高技术含量、高附加值的产品和技术出口所占比重仍然较低，制剂品种偏少。
2、创新能力弱
企业研发投入少、创新能力弱，一直是困扰我国医药产业深层次发展的关键问题。
2005年我国整体医药行业研发投入占销售收入比重平均仅为1.02%，除个别企业在5%以上外，大部分企业的研发投入比重处于非常低水平。同时，国内风险投资市场尚未建立，整个技术创新体系中间环节出现严重断裂。
目前，我国医药研发的主体仍是科研院所和高等院校，大中型企业内部设置科研机构的比重仅为50%。同时，在以市场为导向的制药企业中，科研人员主要从事的是技术改造工作，由于人才评价机制和激励机制不健全，在经济利益的驱使下，还存在科研人才向经营领域分流的现象，使精心培养的科研人员未能成为新药开发和技术创新的中坚力量。
由于缺乏专业技术人才和科研配套条件，大部分企业无法成为医药研发的主体，使一些关键性产业化技术长期没有突破，制约了产业向高技术、高附加值下游深加工产品领域延伸；产品更新换代缓慢，无法及时跟上和满足市场需求。由此造成我国的医药产品在国际医药分工中处于低端领域，国内市场的高端领域也主要被进口或合资产品占据。
3、医疗卫生体制改革滞后
目前我国的基本医疗保险制度改革、医疗体制改革和药品流通体制改革尚未形成可操作的协调与持续发展机制，医保无法对医院用药发挥制约作用，致使用药不合理，市场竞争无序；同时，在目前医药不分家、处方外放难的情况下，医院药房仍然绝对占据药品消费市场的垄断地位。
4、缺乏国际认证的产品和国际市场运作的经验
医药是特殊的产品，各国政府对此类产品的市场准入都有非常严格的规定和管理，我国的大部分化学原料药产品没有取得国际市场进入许可证。在药品生产过程管理和质量保证体系方面，我国与国际发达国家仍有一定的差距，通过国际认证的厂家和产品寥寥无几。国内医药企业普遍缺乏国际药品市场运作经验的专业人才，国际化能力薄弱。
虽然我国化学原料药的出口额较大，但是通过国际市场注册和认证的产品却不多，2004年底我国取得欧洲COS和美国DMF注册认证的产品仅为60个和192个，约占全球总量的3.6%和4.3%，绝大部分产品仍以化工产品形式进入国际市场。如我国大量出口到印度的青霉素工业盐，是经过印度进一步深加工后，才以药品身份进入欧美市场。
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