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2．中医药防治优势病种研究项目
选择中医药在临床诊治中疗效确切、优势明显的10个病种，开展诊疗技术与方案的收集、筛选、验证、评价，总结中医药在防治这些病种上的治疗方法以及疗效评价方法，形成科学的防治规范和疗效评价体系，并在全国范围内进行培训和推广。
3．中医药防治疑难病种研究项目
选择5种高发、难治的疾病，深入研究疾病的发病原理、治疗方法、疗效评价以及中医病因病机、治法治则，客观分析中医药防治的优势所在，对这些疾病的中医药诊疗方案、疗效评价体系做科学的研究分析。
4．中医药重点专科（专病）建设项目
对“十五”期间确定的重点专科（专病）建设项目强化建设，并适度扩大专业与地域覆盖面，“十一五”期间再增加300个专科（专病）作为重点进行建设，发挥重点专科科技创新、人才培养、技术协作、提高临床疗效的作用。
（三）农村和社区中医药服务能力建设专项
1．农村医疗机构中医特色专科（专病）建设项目
“十一五”期末，国家建设农村医疗机构特色中医专科（专病）达到500个。
2．农村中医工作先进县建设项目
“十一五”期间，再建全国农村中医工作先进县（市）200个。
3．中医药适宜技术推广示范地区建设项目
在“十五”中医药适宜技术推广示范地区试点建设基础上，“十一五”期间，在全国遴选100个地区，通过建设，使其成为中医药适宜技术推广示范地区。
4．中医药特色社区卫生服务示范区建设项目
继续开展中医药特色社区卫生服务示范区建设项目，到2010年，使全国中医药特色社区卫生服务示范区达到100个。
（四）中医药继承及创新体系建设专项
落实《国家中长期科技发展规划纲要》提出的任务，通过实施《中医药科学研究发展纲要（2006-2020年）》，加强中医药的继承与创新，为中医药事业发展提供科技支撑。
1．学术传承研究项目
开展名老中医药专家学术思想传承研究，探索建立中医药学术传承、研究以及推广应用的有效方法和新模式。
系统开展文献整理研究，重点对500种中医药古籍文献进行整理与研究，稳定和培养中医古籍研究人才，构建中医药古籍文献数据库，推动古籍文献的数字化。在“十五”基础上，继续整理研究100种民族医药文献。
开展中医药（含民族医药）特色疗法和药物筛选研究，建立2-3个中医药特色技术和方药筛选评价中心。
2．创新能力建设项目
实施中医药重点研究室建设计划，建设一批中医药重点研究室。继续加强中医药科研三级实验室规范化建设，提高中医药科研支撑能力。
实施国家级中医临床研究基地的建设项目，强化中医临床研究。
实施提升传统名优中药生产企业创新能力项目，扶持建设10-20个传统名优中药生产示范基地，开发10-20个安全有效的传统名优产品和体现中医药特点的现代中药新药。引导建立30个中药创新药物研发基地。
3．科技服务能力建设项目
实施重大疾病的中医药防治与研究项目，重点研究中医药防治重大疾病的关键技术，建立符合中医药自身规律的研究方法学和临床疗效评价体系。
继续实施“中医临床诊疗技术整理与研究”项目，加强针对农村和社区适宜技术的筛选和评价，收集、整理和研究民间医药技术和方法，推广100项符合不同地区、不同人群需求的中医适宜技术。
改善中医药科技服务条件。建立和完善中医药科技信息服务网络和共享平台，培育1-2个科技服务中介机构，扶持建设3-5个中医药临床疗效评价中心，5-10个国家级中医药科技成果推广示范基地，5-10个国家中药工程技术研究中心，3-5个中药标准研究中心。
4．中医药知识产权保护项目
实施国家知识产权战略，深入进行中医药知识产权保护和利用研究，尤其注重中医药传统知识和中医药特色技术的研究、保护和利用。开展中医药传统知识调查，建立中医药知识产权保护名录及其数据库。
（五）中药资源利用与可持续发展专项
开展中药资源普查，初步建立中药资源动态监测体系和预警系统。引导建立3-5个中药资源利用与保护研究中心，研究中药资源可持续利用的关键技术，重点开展濒危、道地中药材示范研究。加强中药材种质种源的保护与利用，引导建设100种常用中药的道地药材生产示范基地。研究建立和完善体现中医药特点的中药质量技术标准、中药疗效评价方法和评价体系、中药安全性评价方法和评价体系。
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