财政部和水利部对补偿方案及核查意见进行审查和核定后，提出补偿意见，财政部拟定补偿资金总额，上报国务院批准后实施。
第二十条 财政部根据蓄滞洪区在流域防洪调度中所承担的防洪任务的重要程度、所在省（自治区、直辖市）的财政状况以及区内居民恢复生产的难易程度等因素，拟定中央财政与省级财政补偿资金的分摊比例。中央财政一般分担国家蓄滞洪区运用后应补偿资金总额的40%～70％。
第四章 补偿资金拨付与发放
第二十一条 国务院批准蓄滞洪区运用补偿方案后，财政部应将分担的补偿资金下拨给蓄滞洪区所在地省级财政部门。省级财政部门将其本级财政分担的补偿资金和中央补偿资金一并及时、足额下拨给蓄滞洪区所在地市级或者县级财政部门，并将资金下拨情况抄送财政部、水利部和有关流域管理机构。
第二十二条 补偿资金由财政部门统一管理，实行专账核算，任何单位或个人不得改变资金用途。
第二十三条 居民财产登记与变更、损失核查以及补偿资金发放等工作经费不列入补偿资金使用范围，所需经费由地方财政负担。
第二十四条 补偿资金的发放工作由国家蓄滞洪区所在地县级人民政府或其授权的部门负责。
国家蓄滞洪区所在地县级人民政府应当根据国务院批准的补偿方案，组织财政、水利等部门制定补偿资金具体发放方案，乡（镇）人民政府据此逐户确定具体补偿金额，并由村（居）民委员会张榜公布。
具体补偿金额张榜公布5日后无异议的，由乡（镇）人民政府组织发放补偿凭证，区内居民持补偿凭证、村（居）民委员会出具的证明和身份证明到县级财政部门指定的机构领取补偿金。
张榜公布后有异议的，村（居）民委员会应及时核实。经县级以上人民政府或其授权的部门核查认定，不应发放的补偿资金应全部返还财政部门。
第二十五条 地方各级财政部门应加强对补偿资金的管理，严格资金的发放手续，定期向上级财政部门报告资金使用情况，并认真做好补偿资金的财务决算工作。
国家蓄滞洪区所在地县级人民政府或其授权的部门在补偿资金发放完毕后，应及时对补偿资金的发放情况进行总结，并逐级上报财政部、水利部。
