根据财政部令第29号《
国家农业综合开发土地治理项目工程建设监理办法（试行）》（国农办[2004]49号）等有关规定，农业综合开发土地治理项目发生的工程监理费通过省级农发办事机构报账时，应按实际发生数分摊计入工程成本。
（一）省级农发资金管理部门的账务处理。
1.省级农发资金管理部门从本级财政配套资金中安排工程监理费时，借记“银行存款”等科目，贷记“拨入本级财政资金”科目。
2.按照监理合同，省级农发资金管理部门预付工程监理费时，借记“应收款项”科目，贷记“银行存款”科目。
3.省级农发资金管理部门与监理单位办理结算，支付剩余的工程监理费时，借记“应收款项”科目，贷记“银行存款”、“应付质量保证金”等科目。
工程监理的质量保证金在省级农发资金管理部门以应付款的方式挂账。
工程项目验收合格后，省级农发资金管理部门将质量保证金支付给监理公司时，借记“应付质量保证金”科目，贷记“银行存款”科目；
工程项目验收不合格，省级农发资金管理部门将该部分资金转入“未完项目结存”科目，借记“应付质量保证金”科目，贷记“未完项目结存”科目。
4.省级农发资金管理部门向下级农发资金管理部门下达分摊监理费用通知时，借记“拨出资金”科目，贷记“应收款项”科目。
（二）市级农发资金管理部门的账务处理。
省级农发资金管理部门根据监理合同，向各（市、县）下达分摊监理费用的通知，市级农发资金管理部门收到通知时，借记“拨出资金”科目，贷记“拨入上级财政资金”科目。
（三）县级农发资金管理部门的账务处理。
市级农发资金管理部门向县级农发资金管理部门转发分摊监理费用的通知，县级农发资金管理部门收到通知时，财政资金专账借记“拨出资金”科目，贷记“拨入上级财政资金”科目。报账资金专账借记“间接费用”科目，贷记“拨入资金”科目。
以上各级收入、支出年终结转的会计核算按照《
农业综合开发资金会计制度》（财发[2001]55号）的有关规定执行。关于间接费用的分配，结转完工项目支出以及年终转账的账务处理与正常项目支出相同。
五、参股经营资金的会计核算
按照《
国家农业综合开发投资参股经营试点管理办法》（财发[2005]39号），为使国家投入的资产保值增值，增设“参股经营投资”（第134号科目）、“转出参股经营资金”（第135号科目）、“转入参股经营资金”（第212号科目）、“本级参股经营资金”（第351号科目）、“参股经营收益”（第352号科目）五个一级科目。以上科目为财政资金专账使用，用于核算农业综合开发财政资金投资参股经营情况。
