1．业务量大幅度增长。据统计， “十五”期间，2001年至2005年检疫入出境人员14．4亿人次，传染病监测818．6万人次；检出各类疾病患者 67．5万人，其中HIV感染者1908人，结核病患者5093人，性病患者及感染者1．4万人，病毒性肝炎感染者2．8万人，均采取了控制措施；对出境人员574．7万人次按规定实施了预防接种；检疫入出境交通工具9057．7万次，其中飞机113．6万架次，船舶181万艘次，列车318．9万节次，汽车 8390．9万辆次。2001年至2005年，在入境交通工具、集装箱、货物中共检出医学媒介生物1．6亿只，其中鼠类7674只，蝇类3818．9万只，蚊类 13．7万只，蜚蠊570．3万只；实施卫生处理1．5万次。
2．保健中心工作成绩显著。各局把对保健中心的规范管理作为依法行政、以人为本，为出入境人员服务、促进保健中心健康发展的重要工作来抓，规范体检、预防接种工作，严格各项操作规程和采购规定，确保工作质量安全。目前，已有25个直属局保健中心和部分分支局保健中心获得 IS09001和实验室17025认可证书。马来西亚卫生部确定北京、上海、江苏等8个保健中心为赴马来西亚劳务人员体检保健中心。北京、上海、福建、广东及江门等保健中心通过了美国CDC专家的工作质量考核，符合美国的体检和预防接种工作要求。
3．开展了创建国际卫生机场活动。经过口岸卫生检疫人员的积极努力，深圳、北京、上海、海口和南京机场先后得到了世界卫生组织的高度评价和认可，顺利地通过了该组织的考核，被确定为国际卫生机场，标志着我国口岸卫生检疫工作迈上了一个新台阶。
4．加强了口岸卫生监督工作。对口岸食品生产经营单位、服务单位、储存场地建立了严格的卫生监督制度，对符合条件的1310家口岸食品生产经营单位发放了《国境口岸食品生产经营单位卫生许可证》，对1079家口岸服务单位发放了《国境口岸服务行业卫生许可证》，对335家口岸储存场地发放了《国境口岸储存场地卫生许可证》。同时对 3．8万体检合格的从业人员发放了《健康证明》，体检合格率为98．9％。此外，在完成日常的入出境交通工具卫生监督工作的同时，大部分口岸不同程度地完成了口岸医学媒介生物本底调查和公共场所微小气候监测工作。通过加强口岸卫生监督，提高了口岸的整体卫生水平，保障了口岸卫生安全。
5．规范了卫生处理工作。建立了卫生处理药品、器械的筛选和评审制度，各口岸认真贯彻执行
安全生产法、
职业病防治法、《
使用有毒物品作业场所劳动保护条例》和《
危险化学品安全管理条例》等法律法规，制定了一系列卫生处理操作规范、规章和标准，并逐步完善了口岸卫生处理突发事件处置技术方案。
6．加大了实验室建设力度。全系统共建立了 170个艾滋病初筛实验室、1个艾滋病确认中心实验室、13个艾滋病确认实验室，6个重点医学媒介生物实验室、26个区域性医学媒介生物实验室和大量的常规医学媒介生物实验室；部分实验室推行 ISO9001、IEC17020和17025质量管理认证。
7．大力推进卫生检疫信息化工作。2003年研究开发了口岸SARS及卫生检疫管理系统，极大提高了非典疫情报告和应急处置的效率，在抗击非典的关键时期发挥了重要作用。开发了出入境口岸卫生检疫信息管理系统，为建立完善、快速的口岸疫情预警应急体系，实现疫情快速发现、快速报告、快速反馈、快速控制提供了有效渠道。2004年至 2005年，系统注册信息报告员达852人，遍布各直属局、分支局、保健中心共539个单位，上报各类业务数据5万多条，并在网上发布各类公告、文件、法规等近千条。
8．强化了科技兴检工作。各口岸检验检疫部门积极开展卫生检疫科学技术研究，如河北秦皇岛局组织编写了《中国口岸医学媒介鉴定图谱》，宁波局开展了集装箱硫酰氟熏蒸除虫量效学研究，上海局在卫生处理复配药的研究和应用上取得新进展，天津局研制出了新型防鼠板等。这些课题的研究和应用，对提高卫生检疫工作的科技含量，促进卫生检疫工作的发展，起到了重要的作用。“十五”期间构建了口岸卫生检疫标准体系，在国家认监委的支持下，到目前为止，已经顺利完成200多项卫生检疫行业标准的制定工作。
9．加大了专业知识的培训。为应对当前国内外疫情的严峻形势，尽快提高一线工作人员的业务能力，举办了各类卫生检疫专业培训班，如新发传染病防治、卫生监督、卫生处理技术、艾滋病防治、反恐技术、特殊物品管理和卫生检疫信息化等培训班。目前共有1500名基层工作人员接受了培训，提高了卫生检疫人员的业务水平，提高了卫生检疫队伍素质。
