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认证结果分为“认证相符”、“认证不符”、“密文有误”、“无法认证”、“重复认证”五种，分类方法与专用发票基本相同。
对于“认证相符”的公路、内河货物运输业发票，允许企业申报抵扣；对于“无法认证”的公路、内河货物运输业发票，税务机关应将发票原件退还企业；对于“密文有误”、“重复认证”和“认证不符”的公路、内河货物运输业发票，应移送稽查部门查处。
（2）关于数据采集、传输、稽核和审核检查工作
①数据采集
试运行地区一般纳税人取得货运发票税控系统开具的货运发票抵扣增值税进项税额时，必须通过认证方式采集数据，取得非货运发票税控系统开具的货运发票仍通过现有清单方式采集数据。试运行地区国税机关要确保货运发票采集数据的完整性、准确性和及时性，通过认证方式采集的货运发票税控系统开具的货运发票要避免再通过清单方式重复采集，造成重号发票。
非试运行地区的一般纳税人取得试运行地区通过货运发票税控系统开具的货运发票申报抵扣增值税进项税额时，暂仍采用现有清单方式采集数据。
货运发票税控系统全国推行后，在过渡期内也采用上述试运行地区的办法采集数据；过渡期结束后则统一通过认证方式采集数据。
②数据传输
数据通过FTP进行传输。由于省级地方税务局已实现与总局联网，地方税务局的货物运输业发票信息一律由省级地方税务局直接上传国家税务总局。
省级以下地税系统未实现联网的，哪一级断开，暂时传给同级国税局，由同级国税局传输给上一级国税局，并由接收数据的国税局送同级地税局，直到送达省级地方税务局
Ⅰ.实行区县级同级交换的，每月20日前地税局将汇总货运发票清单信息传递给同级国税局；
Ⅱ.实行地市级同级交换的，每月22日前地税局将汇总货运发票清单信息传递给同级国税局；每月22日前国税局、地税局（区县级直接上传或地市级）将汇总的数据上传到省级国税局、地税局；
Ⅲ. 每月23日前各省级国地税机关负责汇总下级上传的数据，并将汇总的数据上传到总局。
③交叉稽核
总局每月对全国货运发票信息进行一级稽核比对，并将当月稽核结果下发。
总局稽核比对结果分为“比对相符”、“比对不符”、“缺联”和“抵扣联重号”四种类型，其中比对不符又分为：金额不符、受票人识别号不符、承运人识别号不符、承运人受票人双方识别号不符和开票日期不符五种类型。
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