三、有关业务规程
（一） 国税机关
1.关于货运发票税控系统试点地区“一窗式”比对要求
（1）目前货运发票税控系统仅适用于公路、内河货运业务，尚不能开具“铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输”等运输发票，一般纳税人取得的货运发票既包括由货运发票税控系统开具的公路、内河货运发票，同时也包括不是由货运发票税控系统的铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输等货运发票，因此国税机关进行货运发票一窗式票表比对时，其运费发票数据采集存在两种方式。一是由货运发票税控系统开具并允许计算抵扣的公路、内河货运发票，由一般纳税人到主管税务机关进行认证采集，此类货运发票不填写在《增值税运输发票抵扣清单》中，以免造成重复采集。二是取得的不是由货运发票税控系统开具并允许计算抵扣的其他货运发票，一般纳税人仍按照现行《
增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理操作规程》的要求，填写《增值税运输发票抵扣清单》，随同其他申报资料向主管税务机关进行申报。
（2）主管税务机关采集到上述运输发票信息进行“一窗式”票表比对时，应区别两种情况进行处理是：
①非辅导期内一般纳税人运输发票票表比对内容
《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“金额”项数据，应小于或等于《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额”项数据加上当期认证采集的货运发票“运费小计”项数据之和。
②辅导期内一般纳税人货运发票票表比对内容
《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“金额”项数据，应小于或等于《增值税运输发票抵扣清单》中“铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输”栏“允许计算抵扣的运费金额”项数据加当期稽核系统比对相符和协查后允许抵扣的运费发票金额数据之和。
2.关于货运发票数据采集和交叉稽核要求
（1）关于认证工作
增值税一般纳税人取得货运发票税控系统开具的公路、内河货物运输业发票，符合抵扣条件的，在申报抵扣前必须到主管国税机关进行认证。国税机关通过货运发票税控系统认证功能对纳税人提供的公路、内河货物运输业发票进行认证。认证的过程就是利用高速扫描仪自动采集公路、内河货物运输业发票的密文和明文图像，运用识别技术将图像转换成电子数据，然后利用解密功能对发票密文进行解密，并与发票明文逐一核对，达到判别发票真伪的目的。
