煤矿整顿关闭工作原则上分为以下三个阶段：
第一阶段：（2005年7月～2006年6月）以整顿关闭为工作重点。依法取缔关闭非法开采、违法生产、不具备安全生产条件和布局不合理的矿井。
第二阶段：（2006年7月～2007年6月）以整顿关闭和煤炭资源整合为工作重点。一手抓整顿关闭，一手抓资源整合。按照国家安全监管总局、国家煤矿安监局和国家发展改革委等11个部门联合印发的《关于加强煤矿安全生产工作，规范煤矿资源整合的若干意见》（安监总煤矿〔2006〕48号，以下简称《若干意见》）中规定的资源整合的目标、范围、原则和程序进行。通过资源整合，淘汰落后生产能力，改变小煤矿过多、过乱、过散的状况，进一步减少矿点数量。
第三阶段：（2007年7月～2008年6月）以政策治本，强化矿井安全管理，落实企业安全主体责任为工作重点。继续深化煤矿整顿关闭工作，严格安全准入，强化源头管理，全面提升小煤矿整体水平。
四、煤矿整顿关闭工作重点
（一）严厉打击非法开采行为，严防已关闭矿井死灰复燃
对非法开采和已关闭擅自恢复生产的矿井（矿点）发现一处，取缔一处，并依据有关规定依法查处相关责任人；非法挂靠矿井一律予以关闭；发现同一个矿井1年内2次或2次以上超层越界开采的，一律予以关闭；非煤矿山违法从事煤炭开采的，一律予以关闭。
（二）限期关闭和淘汰以下矿井
1.关闭布局不合理矿井
一是不同的采矿权人，其许可的采矿范围在垂直方向上相互重叠（俗称“楼上楼”）的矿井，只能保留一个，其余必须关闭。
二是国有煤矿井田范围内的各类小煤矿。
2.淘汰落后生产能力
一是2007年末淘汰年生产能力在3万吨以下（含3万吨）的矿井；各省（区、市）规定淘汰生产能力在3万吨以上的，从其规定。依据《若干意见》，采矿许可证到期的，一律不再延续，到期一个关闭一个。
二是依据《若干意见》，年生产能力3万吨以下（含3万吨）的煤与瓦斯突出矿井，不符合安全生产条件的，提请地方人民政府依法予以关闭。
3.关闭违法组织生产的矿井
一是依据《
国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》（以下简称
《特别规定》），存在重大安全生产隐患被责令停产整顿、擅自从事生产的煤矿，提请地方人民政府依法予以关闭。
二是依据
《特别规定》，3个月内2次或者2次以上发现有重大安全生产隐患、仍然组织生产的煤矿，提请地方人民政府依法予以关闭。
三是被列入煤炭资源整合范围，整合过程中违法组织生产的矿井，提请地方人民政府依法予以关闭。
