1、资格审查：按本办法第十三条规定进行复查；
2、通讯评审：将有关申请书分送3-5名同学科专家评审。专家依据统一制定的评估指标体系打分并写出评审意见。中央保健委员会办公室根据专家打分以及评审意见择优选出超过拟立项数50-100%的申请项目，提供会议评审；
3、会议评审：学科评审组根据中央保健委员会办公室提交的申请项目名单（包括建议资助经费），以记名投票得方式产生拟立项项目。学科评审组须全部成员出席方能进行评审和投票，出席成员的三分之二以上同意方能通过立项建议。对拟立项项目，学科评审组须写出书面意见并提出资助经费建议，由学科评审组组长签署意见，交中央保健委员会办公室。
第十七条 中央保健委员会办公室根据专家评审结果对拟立项项目及资助经费行使最终审批权。批准立项的，由中央保健委员会办公室发出立项通知书，立项时间以发出通知之日算起。此即作为具有法律效力的合同书。
第十八条 中央保健专项资金资助科研项目立项评审按规定收取评审费。
第五章 中期管理
第十九条 中央保健专项资金资助科研项目实行中期评估检查制度，检查项目研究开展的进度、阶段性成果和经费使用等情况。一般安排在项目第二年的第三季度。中期评估检查的内容包括：
1、项目是否按原定计划进行，研究进度是否符合项目研究计划的要求（包括项目的基础性研究、实验、资料收集整理等工作是否已开展，情况如何）；
2、项目负责人是否采取措施为项目实施提供了必要条件；
3、已有阶段性成果学术水平如何；
4、项目经费是否真正用于项目研究工作，开支是否合理。
第二十条 中期评估检查结果与经费续拨挂钩。对检查合格的，按时拨付第二次经费，对不按时报送年度进展报告或检查不合格的，暂缓拨付经费，严重的要按本办法第四十八条规定予以追究。
第二十一条 中期评估检查由中央保健委员会办公室统一布置实施。重大委托研究项目、重点项目的中期评估检查由中央保健委员会办公室直接组织。一般项目、青年项目的中期评估检查可由项目承担单位组织自查，并将中期评估检查计划、方案和结果报中央保健委员会办公室备案。中央保健委员会办公室可视情况组织专家对项目承担单位自查结果进行评估抽查。
第二十二条 由项目负责人对在研项目撰写《中央保健专项资金资助科研项目年度进展报告》（附件1）按规定时间报送中央保健委员会办公室。
