(一)运力结构不合理。船舶技术水平低，船舶老化，老龄船、超龄船比例达41％，沿海高达68％；国际海运船队的大量中资船舶在国外登记，超大型油轮、LNG船几乎是空白；内河运力过剩严重，高达30％，船型杂乱，技术水平低，平均吨位小，仅为航运发达国家的10％。
(二)企业组织结构不合理。经营机制不活，从业人员素质较差，企业规模较小，管理水平低，经营粗放，加上客观原因，航运企业亏损严重，亏损面达66％。
(三)管理体制不顺，宏观调控力度不够。政企不分，各自为政，人员素质不高。交通系统内部运政、港政、港监、船检等部门管理交叉，政出多门，合力不够，管理成本大。宏观调控缺乏有效政策和手段，市场竞争秩序难以有效维护。
当前，我国航运业正面临重大结构调整的考验，机遇和挑战并存，面对机遇、挑战和问题，必须提高认识，明确思路，制定政策，采取措施，加快航运业结构调整和发展。
二、航运业结构调整的方向和指导思想
(一)航运业结构调整的方向和三个重点
我国航运业结构调整的方向是：通过10年左右的努力，实现“航运业四化”，即船舶大型化、船队专业化、企业经营集约化、内河船舶标准化，使航运企业经济效益明显提高，科技创新能力、市场竞争能力、抵御风险能力明显增强，建立起现代企业制度，使大部分的航运企业全面走向良性发展的轨道；调整船队结构，建成与我国贸易结构相适应的国际、国内大型集装箱、原油、液化气、散货船队，船舶平均吨位、船舶技术水平普遍提高，初步实现内河船舶标准化；集装箱运输和集装箱化程度要达到国际先进水平；建成具有较强国际竞争力的海运商船队，建立与其他运输方式发展相协调和衔接的国内航运体系以及较完善的国际、国内多式联运和物流系统，把航运大国建成航运强国，以满足国民经济、对外贸易和国家安全的需要。
航运业结构调整的重点是：运力结构调整、运输结构调整和航运企业结构调整。
加快运力结构调整。要从追求总量规模的外延扩张型向注重质量的内涵提高型转交。国内运力的总量在充分发挥市场作用的前提下，通过宏观调控实现供给和需求的基本平衡。远洋、沿海船舶向大型化、专业化、现代化、年轻化方向发展。重点发展大型散货船、大型油轮，发展集装箱船、滚装船、客滚船、液化气船。内河船队在总量基本不变的情况下，加快更新运力。重点发展内河自航船、推顶船队、江海直达船、集装箱船，适度发展旅游客船和滚装船，向标准化、系列化、大型化和现代化方向发展。
