(1)设立“农业科技推广与服务资金”，将已有的“948”计划、种子工程、丰收计划、跨世纪青年农民科技培训工程、农作物品种区域试验、农业科技跨越计划、超级杂交稻补助费、农业科技示范场、农业机械装备更新、质量标准体系建设、农业信息服务体系、农业技术推广补助费、重点农业技术推广资金等13个专项资金归类到“农业科技推广与服务资金”下，制定新的统一的农业科技推广与服务专项资金管理办法。
(2)设立“森林生态效益补助资金”，将四大防护林建设补助费、飞播造林补助费、京津周围绿化补助费、国有苗圃补助费、生态型贫困林场补助费、森林病虫害防治补助费、边境森林防火隔离带补助费等7项合并为“森林生态效益补助资金”，用于对森林的管护，并制定新的资金管理办法，取消原有各专项资金的管理办法。草原防火补助费和飞播牧草补助费合并为“草原生态环境补助费”。
(3)设立“农业救灾资金”，将农业病虫害(棉铃虫、蝗虫等)、畜牧业病虫害(草原治虫灭鼠、五号病、紧急动物防疫、血吸虫、布病马传贫等)、抗灾保畜补助、救灾柴油化肥补助、农业事业单位救灾补助5个专项合并为“农业救灾资金”，制定统一的农业防灾救灾补助办法。
(4)设立“财政扶贫资金”，将发展资金、以工代赈资金、新增财政扶贫资金、贫困农场补助费合并为“财政扶贫资金”，并按新制定的《
财政扶贫资金管理办法》统一管理。
(5)设立“农业产业化发展资金”，将已有的农业社会化服务体系建设资金、农业产业化资金合并，改为“农业产业化发展资金”，重点用于支持农业产业化龙头企业，支持农业产前产中产后服务，促进农产品加工销售发展等，修订有关管理办法。
(6)设立“农村小型公益设施建设补助资金”，根据2001年中央农村工作会议精神，我部在中央本级设立“农村小型公益设施建设补助资金”，用于发展农民直接受益的小型公益设施，主要是帮助农民解决人畜饮水困难和沼气、新炭林等农村能源问题。今年开始试点。
(7)保留特大防汛抗旱经费、天然林保护经费、退耕还林经费、垦区林区中小学危房改造资金、“八大片”水土保持补助费、林业新品种试验与技术推广经费、“三西”农业建设专项资金和财政支农资金效益调查统计经费，取消秸秆还田经费、洞庭湖分洪区建设费、水库移民补助费等。
(8)清理整顿贴息资金。根据我部压缩贴息规模的统一要求，从2001年起，对13项贷款贴息取消9项，主要是取消对企业的和生产性的贴息，包括山区综合开发贷款贴息、森工多种经营贷款贴息、支持粮棉生产贷款贴息、种子工程贷款贴息、新疆棉花基地建设贷款贴息、乡镇供水贷款贴息、乡镇企业“贸工农”贷款贴息、乡镇企业东西合作工程贷款贴息、少数民族地区乡镇企业发展贷款贴息；保留的4项贴息，主要是以社会效益和生态效益为主的，它们是扶贫贷款贴息(含农垦扶贫贷款贴息)、林业和治沙贷款贴息、节水灌溉贷款贴息、救灾备荒种子贷款贴息。保留的贴息项目要调整贴息率和贴息年限，压缩贴息规模，重新测算分年度贴息资金，最高贴息率不超过当年银行贷款利率。在清理整顿的基础上，我部将制定统一的贴息管理办法，之后再考虑增加新的贴息项目。
