1951年至1959年，是新中国农村信用社组建和发展的第一阶段。1951年5月中国人民银行总行召开了第一次全国农村金融工作会议，决定大力发展农村信用社。到1957年底，全国共有农村信用社88368个。这一时期的农村信用社，资本金由农民入股，干部由社员选举，通过信贷活动为社员的生产生活服务，基本保持了合作制的性质，成为农民生产生活上的参谋助手，以及扶持农业生产的重要力量。
1959年至1980年，这一阶段由于极左路线的影响，农村信用社曾先后下放给人民公社、生产大队管理，后来又交给贫下中农管理，农村信用社基本上成为基层社队的金融工具。
1980年至1996年，农村信用社由农业银行进行管理。1984年，国务院批转了中国农业银行《关于改革信用社管理体制的报告》，提出把农村信用社真正办成群众性的合作金融组织，在遵守国家金融政策和接受农业银行领导、监督下，独立自主地开展存贷业务。恢复和加强农村信用社“组织上的群众性、管理上的民主性、经营上的灵活性”。此后在中国农业银行的领导下，农村信用社在民主管理、业务经营、组织建设等方面进行了一些改革，特别是县级联社的设立，对农村信用社各项业务的发展和内部管理起到了明显的作用。但同时也使农村信用社成了国家银行的“基层机构”，走上了“官办”的道路，贷款大量投放乡镇企业，农民对信用社的经营活动失去监督。
1996年8月，国务院下发了《
国务院关于农村金融体制改革的决定》(国发[1996]33号)，进一步明确了农村信用社改革管理的政策措施。这一时期，中国人民银行作为中央银行，一方面负责对农村信用社的监督管理工作，另一方面，在行业管理组织和自律组织没有成立之前，承担了行业管理的职责。
几年来，一系列改革整顿和规范管理取得了初步成效。一是贷款投向进行了重大调整，农业贷款比重明显提高。2000年底，全国信用社农业贷款余额3588亿元，比1996年增加2101亿元，农业贷款比重由1996年的23％增加到2000年的34％，提高11个百分点，乡镇企业贷款比重由1996年的52％下降到2000年的43％，下降9个百分点。二是贷款方式进行了改进，农户贷款面明显扩大。通过推广小额农户信用贷款和农户联保贷款办法，以及核发“贷款证”、“贷款卡”等方式，简化了贷款手续，增加了农户贷款面。2000年底，农户贷款2203亿元，占农业贷款的60％。三是经营机制有了初步转变，内部管理在加强。3年共减少信用社法人机构9000家，精减正式职工1万人，清退临时工3万人；人均费用比1997年下降3800元。全国农村信用社2000年比1999年增盈减亏52亿元，亏损面下降10个百分点。四是初步建立起中央银行对农村信用社的监管体系，风险有所控制。全国有专司农村信用社的监管人员6000多人，落实了监管责任。经清产核资和真实性检查，全面掌握了风险状况，对高风险社进行跟踪监控和处置，控制了支付性风险，2000年不良贷款比上年下降2个百分点，今年1到4月不良贷款比率比年初又下降了3个百点，资产质量向好的方向转变。五是增扩了股金，探索了法人治理结构。2000年底股金总额266亿元，比上年增加60亿元。同时通过健全社员代表大会、理监事会等民主管理制度，农村信用社自我约束、自我管理机制有所增强。
