每位科研人员一般只能作为1个项目的建议人参与申报项目，最多不能超过2个。《规划》专家顾问组成员、已经立项的《规划》项目首席科学家及主要承担人员不能作为建议人和研究骨干参与2001年项目的申报；国家科技攻关计划、高技术研究发展计划项目和课题主要负责人不能作为项目建议首席科学家申报《规划》项目。
7.项目建议首席科学家一般为1人，年龄一般不超过60岁。首席科学家应将主要精力投入项目工作，一般需保证70％的时间。
8.注意与国家科技攻关计划、高技术研究发展计划及其它科技计划的协调与衔接，发挥重大科学工程和国家重点实验室等重要研究基地的作用，努力实现科学研究资源的优化配置。
9.紧密围绕项目总体目标设置课题。课题数量要适当，项目的课题数一般为10个左右；课题大小要适当，每个课题的承担单位一般不多于2个；《规划》项目只设置课题，不在课题下设置子课题。课题的研究目标和内容必须详细、具体叙述，并注意课题围绕项目的总体目标选择突破点，研究重点明确。
10.项目建议书要本着“实事求是”的原则，在集中目标、突出重点的基础上提出经费预算。六个领域的项目经费一般控制在2000万元－3000万元。项目全时人均资助强度应不低于10万元/人年。
六、与欧盟合作
根据“
中华人民共和国政府与欧洲共同体科学技术合作协定”，欧盟向中方开放欧共体条约第一百三十（g）条规定的框架计划第一类行动范畴的所有研究与技术开发及示范活动，科学技术部向欧方开放《国家重点基础研究发展规划》项目。
欧盟成员国的研究机构的科学家必须与两个或两个以上的不隶属于同一部门的中方单位的科学家在详细理解规划项目的立项要求的基础上，根据指南共同提出项目建议。
建议书必须在规定的时间内由共同建议人（即双方提出申请的科学家）签字，经中方共同建议人所在研究机构报科学技术部。必须提交中、英文两个版本（一式20份）。
中方科学家与欧方科学家共同提出的项目建议书需通过专家评审，评审标准与国内科学家提出的建议书评审标准相同。评审过程中若需答辩，由科学技术部基础研究司通知中方建议人。通过评审的项目由规划专家顾问组审查和讨论，提出立项建议，经科学技术部审定后立项。不予立项的项目，将由科学技术部基础研究司通知中方建议科学家，并经中方科学家转告欧方科学家。
建议书：注明项目所属领域、中欧双方的共同建议人姓名、单位、联系方式。推荐中、欧双方各一名科学家负责项目执行。建议书内容包括立项依据、研究现状及发展趋势、总体目标和五年目标、主要研究内容、总体研究方案、课题分解、研究工作的分工、现有工作基础和条件、研究队伍、经费预算等（中方和欧方的研究费用分别预算）。
