2.水污染与水体富营养化问题仍未完全解决
七大水系、大中型湖泊及近岸海域水污染亟待控制。1999年七大水系中只有38.1%的河段达到或优于地面水环境质量Ⅲ级标准；我国131个主要湖泊中的绝大多数受到不同程度的污染，一半以上达到富营氧化程度；渤海1998、1999年连续二年发生历史上最严重的赤潮，面积达到了6500平方公里，持续时间超过一个月，严重影响海产养殖并造成重大经济损失；城市地下水污染严重，水源地微污染威胁饮用水安全。
3.危险废物管理和控制亟待加强
1999年，我国危险废物产生量1015万吨，其中近200万吨危险废物直接向环境排放，危险废物累计堆存量估计已达6.5亿吨。由此引发的环境污染事故成倍增长，已构成突出的环境和食品安全问题。
4.有毒有害化学品污染已对环境和人体健康构成明显威胁
以半挥发性、挥发性有机物、类激素、多环芳烃等为代表的微量难降解有毒化学品引起水体和土壤污染，通过污染土壤生产的农副产品进入食物链。挥发性有机污染物进入大气，通过呼吸系统进入人体，已经对人体健康产生危害。
5.城市生活垃圾与工业固体废物污染严重
生活垃圾和工业固体废物的随意倾倒或不安全堆埋，产生的渗滤液和有害气体严重地污染了地表水、地下水和大气环境。
6.生态环境恶化的趋势仍未得到有效控制
因水土流失、土地沙化、盐渍化、酸化等引起的土地退化进一步加剧；水生态平衡失调，河流断流、湖泊萎缩、湿地破坏加剧,水患灾害频繁；生态系统、生物资源与生物多样性遭到严重破坏，生态破坏的程度在加剧，危害在加重。
7.核安全与辐射安全监督管理任务艰巨
我国核电设施具有堆型多、技术来源国别多、建设地点人口稠密等特点，确保核设施安全稳定运行、保证退役核设施环境安全及放射性废物安全处置的压力很大。另一方面，随着国民经济建设的发展还产生了一些新的辐射环境问题，如电磁辐射环境污染、各种工业活动造成的天然电离辐射的升高等。
8.面临着履行国际环境公约的巨大压力
我国是《
联合国气候变化框架公约》、《关于
消耗臭氧层物质的蒙特利尔议定书》、《生物多样性公约》等国际环境公约的缔约国，履行国际环境公约使我国的工业、农业、能源和国民经济发展面临着巨大的压力。我国即将加入世界贸易组织，并参加了一系列国际经济合作组织和条约，环境与经济的关系越来越密切，迫切要求通过科学研究，提出应对国际公约的对策措施。
（二）环境科技存在的差距及需求
面对日益严峻的环境问题，迫切需要大力发展环境科学技术。但是，与发达国家相比，我国的环境科学技术还存在着显著差距。主要有：
1.环境政策法规研究亟待加强
面对社会主义市场经济高速发展和多种经济成分的融入，环境管理的观念和手段均需要更新，环境管理制度需要完善。与之相适应的环境政策法规、标准、政策机制以及应对国际环境公约的支撑技术尚需加强。急需加强对环境法律法规、战略、政策、标准和管理研究，研究建立一整套适应社会主义市场经济的环境管理政策体系。
2.对新的环境污染与生态破坏问题认识明显不足
工业技术的迅速发展促进了经济增长，在新产品不断进入市场的同时，新的环境污染物也不断进入环境并导致新的环境问题，如类激素、挥发性有机有毒物(VOCs)、持久性难降解有毒有机物(POPs)、富营养化、沙尘暴、生物环境安全等，我们尚未对这些新的现象及问题开展深入系统的科学研究，对其发生发展的原因、机理、机制、规律缺乏科学的认识，难以提出有效的控制对策或方案。需要大力开展对有毒化学品、危险废物、生态安全、核安全、电磁辐射、湖泊和流域等重大环境问题研究。
3.缺乏环境对公众健康影响的研究
我们还未充分认识环境对公众健康的影响，更没有建立起其评价判定体系和以人体健康为核心的环境管理体系，与发达国家当前注重保护人体健康的环境科技和管理思想有很大差距。需要开展环境污染与健康的研究，建立以人为本的环境管理制度。
