第三十条 综合计划局根据项目进展和匹配资金到位情况核拨项目经费。在完成《重大项目任务书》签署和收到项目主管提交的有关匹配资金的证明文件后，综合计划局项目首批经费。后续经费拨付安排将根据项目进展情况和匹配资金到位情况确定。
第三十一条 对未按《重大项目任务书》执行的项目将中止拨款。对确需调整计划的项目，在调整计划得到正式批准后，才能恢复拨款。
第三十二条 项目主管必须根据项目经费预算控制经费支出，严格按照《中国科学院创新工程试点经费管理办法》的有关规定使用院拨项目经费。
第三十三条 项目承担单位应建立、健全经费使用管理的监督约束机制，对项目经费开支行使监督权，做到审批手续完备、帐目清楚、内容真实、核算准确，确保资金的合理有效使用，积极配合综合计划局等部门组织的监督检查。
第三十四条 综合计划局会同监察审计局组织对重大项目经费使用和管理进行不定期的监督检查和跟踪调查，及时了解项目经费使用情况，以确保项目经费按核定的预算合理有效地使用。
第三十五条 项目因故中止，综合计划局负责组织项目经费的清查处理。项目主管须配合项目承担单位的财务部门及时清理帐目与资产，编制决算报表及资产清单，上报综合计划局。剩余经费（含处理已购物资、材料及仪器和设备的变价收入）上交院财政。
第六章 项目结题验收
第三十六条 项目主管需在项目执行期终止后5个月内向综合计划局提交项目验收申请和全套验收资料。如不能按时验收，需在项目执行期终止前3个月内向综合计划局提出延迟验收的申请，延迟验收期一般不超过6个月。
第三十七条 项目结题验收由综合计划局组织，由项目验收专家委员会主持，采取召开验收会议等形式进行。项目验收专家委员会应由投资方代表和熟悉专业技术、财务与管理等方面的专家组成，由综合计划局聘任。专家人数一般不少于9人，其中，财务专家不少于2人。项目参加人员和依托单位的人员不能作为项目验收专家委员会成员。
第三十八条 项目验收专家委员会成员须认真阅读项目验收全部资料，必要时，应进行现场实地考察，收集相关方面的意见，核实或复测相关数据，独立并负责任地提出验收意见，并经验收专家委员会讨论得出验收结论。验收专家委员会应对验收结论或评价的准确性负责，有义务维护验收项目的知识产权和保守其技术秘密。
