第二十一条 综合计划局负责组织重大项目的中期检查，撰写《中国科学院知识创新工程重大项目中期检查报告》，向项目领导小组和院长办公会议汇报中期检查情况，并提出相应调整的建议。
第二十二条 因不可抗拒因素的影响对项目总体目标和经费预算进行调整，须经项目领导小组讨论，并报院长办公会议审定。
第二十三条 因人为因素导致项目难以执行或在预定时间内不能完成任务，院将视情况采取警告、通报批评直至中止项目的处罚。不能按时按质完成重大项目任务书中规定目标的项目主管及其主要成员5年内不得申请院重要方向项目和重大项目，项目主要承担单位在3年内不得承担院重要方向项目和重大项目。
第二十四条 重大项目的研究成果，包括专著、论文、软件、数据库、专利以及鉴定证书等，均应标注“中国科学院知识创新工程重大项目资助”和项目批准号。项目结题后3年内，综合计划局仍将对有关专著、论文被引用以及新发表的情况，成果鉴定、获奖及推广效益情况等实行跟踪管理。
第二十五条 项目完成后形成的有形资产，按照项目投资比例进行处置，其中院拨经费形成的部分，在研究所的进入其资产帐户进行管理，若与外单位合作投入到公司，则应由有关研究所代表国家作为出资人对资产按股权比例予以管理。
第五章 项目经费核定与管理
第二十六条 项目主管按照项目可行性研究报告的统一要求编制项目经费预算。综合计划局委托有关机构或人员组织项目经费核算小组，该小组由财务人员、项目管理人员及同领域科学家代表组成，负责对项目经费预算进行核定。
第二十七条 项目经费核算小组核定的经费数额，由综合计划局报院长办公会议批准后执行。
第二十八条 项目主管必须在经费预算中明确院外争取经费的额度。匹配资金（包括院外争取资源，研究所匹配资金等）与院投入的比例一般不低于2∶1。对于经费预算中未达到该比例的项目，综合计划局提出院拨经费调整建议，报院长办公会议审定。
第二十九条 项目经费预算一经审定必须严格执行，确有必要调整时，应按规定程序重新上报审批。
