第十二条 将无偿使用的财政资金变为有偿使用的，按违规违纪资金数额等额扣减下一年度财政资金投资指标。
第十三条 扩大财政资金开支范围、提高开支标准的，按违规违纪资金数额等额扣减下一年度财政资金投资指标。
第十四条 违反国家农业综合开发资金和项目管理规定，多结工程价款，虚列投资完成额，或者以虚假的经济业务事项、资料进行会计核算的，按违规违纪资金数额的3倍扣减下一年度财政资金投资指标。
第十五条 大额现金支付、使用不合格发票以及白条入账的，按违规违纪资金数额的10％以上50％以下扣减下一年度财政资金投资指标。
第十六条 违反国有资产管理的规定，未能客观、真实界定和登记农业综合开发国有资产，以及擅自占有、使用、处置农业综合开发国有资产的，按违规违纪资金数额的3倍扣减下一年度财政资金投资指标。
第十七条 未按规定实行农业综合开发资金专账核算或财政无偿资金县级报账制的，取消开发县资格。
第十八条 至检查或验收时，违规违纪行为已经得到纠正的，可以从轻处理。
第十九条 违规违纪行为经查证后，被检查单位必须按有关规定，对存在的问题进行认真整改，并及时向上级主管部门报送整改报告，同时附报整改的相关原始凭证复印件。
被检查单位未能按期对存在问题进行整改的，对其违规违纪行为从重处理。
第二十条 国家农业综合开发办公室组织开展的项目验收考评、中期检查、专项检查以及其他形式的检查当中，发现被抽查的单位有未被查出的违规违纪行为；或虽经查出，但未能按期整改，且其上级单位未做出相应处理的，除根据本办法责令其上级单位给予处理外，还应根据事实和情节轻重，按照违规违纪资金数额的1—3倍扣减所在省（自治区、直辖市、计划单列市、新疆生产建设兵团）下一年度中央财政资金投资指标。
第二十一条 对农业综合开发办事机构依照规定组织的考评、检查、验收，被检查单位应当给予配合，如实反映情况，及时提供有关资料，不得拒绝、阻挠、拖延。
