第二十九条 海洋特别保护区应当因地制宜采取各类人工生态恢复和修复措施，维护海洋资源、保护海洋生态。
第三十条 海洋特别保护区内禁止开展与保护区规划相冲突的开发活动和建设项目，鼓励开展生态养殖、生态旅游、休闲渔业、人工繁育等与保护区保护目标相一致的生态型开发利用项目，建立协调的生态经济模式。
第三十一条 合理控制养殖规模，推广健康的养殖技术，合理投饵、施肥，养殖用药应当符合国家和地方有关农药、兽药安全使用的规定和标准，防止自身污染。
第三十二条 科学确定旅游区的游客容量，合理控制游客流量，加强自然景观和旅游景点的保护，严格控制占用海岸线、沙滩的建设项目。生活污水和垃圾的处理，必须实现达标排放和科学处置。
第三十三条 海洋行政主管部门负责组织实施本辖区内海洋特别保护区的海洋生态环境调查、监测、监视、评价和科学研究，并发布海洋特别保护区相关信息。
第三十四条 海洋特别保护区管理机构根据区内海洋生态环境调查、监视和监测结果，采用科学、合理的方法，对生态保护、资源恢复、生态环境整治和资源开发利用等活动的效果进行评估，动态调整区内保护与开发计划。
海洋特别保护区保护与开发调整计划报负责审批建立海洋特别保护区的海洋行政主管部门批准后实施。
第三十五条 海洋特别保护区管理机构应当组织区内有关单位共同制定防止海洋污染、生态破坏及自然灾害应急预案，报负责管理的海洋行政主管部门批准实施。
发生海洋环境污染、生态破坏事故和自然灾害时，有关部门和单位应当按照应急预案采取措施，消除或者减轻灾害。
第三十六条 海洋特别保护区管理机构鼓励区内的单位和个人参加海洋特别保护区的建设和管理，吸收当地社区居民参与保护区的共管共护，对保护区重大生态保护和资源开发项目采取举行听证会或者其他形式，征求公众对保护区保护与开发利用活动的意见。
科研机构、大专院校可将海洋特别保护区作为海洋生态保护和资源可持续开发的科研、教学和实验基地。
海洋特别保护区内应当积极开展海洋生态及资源保护宣传交流和国际合作，积极争取社会各界的支持。
第三十七条 海洋特别保护区实行管理评估制度，海洋行政主管部门应当组织对海洋特别保护区进行监督检查，定期组织开展海洋特别保护区建设和管理评估。
海洋特别保护区管理评估办法由国务院海洋行政主管部门另行制定。
第三十八条 沿海县级以上海洋行政主管部门及其所属中国海监机构，依照《
中华人民共和国海洋环境保护法》和《
中华人民共和国海域使用管理法》等相关法律法规，负责海洋特别保护区内的监督检查，依法查处违法行为。
第三十九条 沿海省级人民政府海洋行政主管部门根据本办法，结合当地实际情况，制定具体的管理规定。
第四十条 本办法自发布之日起施行。
