每年12月10日以前，民航总局负责编制下年度民航建设基金收支预算，一式两份报财政部审批。
基本建设项目和技术改造项目可先报总规模由财政部审批，待有关部门批准基本建设和技术改造计划后，民航总局应将分项目预算报财政部审核。归还贷款本息支出、周转性借款和其他支出必须按项目编制详细的预算，其中：归还贷款本息支出项目应按规定范围及合同严格把关；周转性借款应严格用于与民航基础设施建设有关的项目，按使用单位、借款用途、还款来源、周转期限和金额提出年度预算报财政部核定；其他支出由民航财务部门根据需要，按具体项目编制支出预算报财政部审批后实施。具体编制办法按财政部《关于印发民航基础设施建设基金年度预算编制办法(试行)的通知》(财工字[1997]84号)。
经财政部正式报复的年度预算，不得随意进行调整。在执行过程中，确因特殊情况需要调整预算时，应及时报财政部审批。
每年 3月31日前，民航总局负责编制上年度民航建设基金收支决算，一式两份报财政部审批。
第六条 民航建设基金周转性借款管理的规定。
周转性借款仍属于政府性基金，纳入中央财政预算管理。目前暂时采取由财政部委托民航总局设置专户的形式管理，设置专户以及受托金融机构由民航总局商财政部确定，民航总局具体办理。民航总局要与受托金融机构签订委托合同，明确委托贷款内容。周转性借款利息，由民航总局参照不高于同期同类银行贷款利率确定。金融机构办理贷款业务的手续费由借款单位负担，年手续费率不超过千分之三。委托合同、贷款利率的确定由民航总局报财政部备案。
周转性借款按财政部批准的预算从民航建设基金中提取，暂定为1998年至2000年每年4亿元。周转性借款本金在专户中滚动使用，利息收入作为民航建设基金收入处理，上缴中央国库并按规定的预算程序管理使用。
周转性借款期限原则上控制在三年之内，情况特殊的不超过五年。
申请借款的单位必须以正式文件向民航总局财务司提出申请，内容包括：项目名称、项目资金来源情况、资金缺口情况、申请借款金额、借款年限、还款资金来源和还款计划等。民航总局根据财政部批复的年度预算委托金融机构办理借款手续，具体借款手续由各借款单位与受托金融机构按国家有关规定直接办理。
受托金融机构应认真履行委托合同和借款合同，办理借款手续，并负责收回借款本息。
第七条 民航各级财务部门必须参加民航建设基金项目的立项──可行性研究──初步设计──概算审批等前期工作。项目资金的配置由民航各级财务部门依据国家资本金制度和现有资金规模会同同级计划、基建等部门确定。
