商品棉竞卖成本，包括入库成本、新增利息和保管费、公证检验过程中发生的仓库搬倒费用、交易手续费。
商品棉入库成本，以原验等级、准重为基础，包括国家规定的补贴后收购价(每担327级560．5元、329和227级571．71元、229和127级582．92元、129级594．13元)、基层代购手续费(每担均为10元)、从量费用(每担均为30元，包括集并费、包装材料费、打包费、保险费、检验费、合理损耗、其他费用)、经营管理费(每担均为10元)、锯齿棉衣亏补贴(每担均为22．42元)。
新增利息和保管费，利息按入库成本在1999年9月1日至收到竞卖货款期间计算，执行棉花收购贷款利率；保管费按每担每年8元和上述期间计算。
公证检验过程中发生的仓库搬倒费用，按实际公证检验的商品棉原准重每担2元包干使用，专款专用。
交易手续费，按全国供销合作总社、财政部、中国农业发展银行《关于1993年度以前入库国家储备棉竞卖有关财务问题的通知》(供销棉联字(2000)1号)规定执行，按竞卖成交的公证检验商品棉公定重量和每吨10元计算，从竞卖商品棉货款中列支，由中棉公司代付给棉交市场。
四、商品棉竞卖财务处理
商品棉竞卖成交价低于棉花企业购进价，其亏损按差价额抵扣增值税销项和进项税额的差额后的净额和上述有关利息及费用确定，由中央财政拨补。成交价高于购进价，其税(增值税、城建税和教育费附加)后净收益相应弥补上述有关利息及费用，如出现亏损，由中央财政拨补；如出现盈利，相应抵减中央财政负担的竞卖亏损。
根据商品棉竞卖进度，中央财政及时将竞卖亏损补贴预拨到供销总社棉麻局在中国农业发展银行总行营业部开设的“棉花政策性补贴专户”，有关部门要及时将款项划转到中棉公司按本通知第五条规定设立的“集中销售商品棉结算专户”。
五、商品棉竞卖货款结算
商品棉竞卖货款结算事项，由中棉公司统一办理，并在中国农业发展银行总行营业部设立“集中销售商品棉结算专户”。
在中棉公司与竞买方签订的商品棉购销合同规定时间内收妥全部货款后，中棉公司对竞买方开具《集中竞卖1998年度商品棉提货单》(见附件二，以下简称“《提货单》”)，购买方据此到相关棉花企业提货。如竞买方违约，按货值的5％扣罚违约金。
棉花企业对《提货单》核对无误后，要及时按《提货单》载明的批次、等级、数量出库商品棉。竞买方提货后，双方在《提货单》上签字，并传真一份给中棉公司，作为汇付货款的依据。如棉花企业违反上述规定，影响国家宏观调控措施的实施，有关部门将予以严肃处理。
中棉公司要及时审核棉花企业和竞买方共同签字的《提货单》传真件，报国家计委复核。国家计委复核确认商品棉竞卖行为后，商财政部和中国农业发展银行办理拨款事宜。财政部向中棉公司下达货款(包括未竞卖成交的商品棉公证检验仓库包干费用)汇付通知。中棉公司接到汇款通知后在3个工作日内将货款从“集中销售商品棉结算专户”中汇付有关棉花企业，棉花企业相应归还有关银行贷款。当地农发行要及时收回贷款本息，届时，棉花企业向中棉公司开具增值税发票，中棉公司根据竞卖购销合同向竞买方开具增值税发票。竞卖结束后，财政部对中棉公司据实清算竞卖亏损补贴，多退少补。
