生态功能保护区建设的重点区域包括江河源头区、重要水源涵养区、水土保持的重点预防保护区和重点监督区、江河洪水调蓄区、防风固沙区和重要渔业水域等。
5.1 主要任务
5.1.1 建立管理机构
包括基础设施建设和管理能力建设。
5.1.2 划定生态功能区
按照自然特点、环境现状、社会发展需要和保护与恢复生态功能的要求，在生态功能保护区内划定不同的生态功能区，制定各分区的生态保护目标和措施。
5.1.3 加强资源开发利用的环境管理
在生态功能保护区内，停止一切导致生态功能继续退化的开发利用活动和其他人为破坏活动；停止一切产生严重环境污染的工程建设项目；资源开发利用项目必须严格执行环境影响评价制度和“三同时”制度；开展资源开发利用的执法检查。
5.1.4 调整产业结构
充分考虑当地经济、社会发展的需要，调整产业结构，积极寻求替代产业，改变区内粗放的经济发展模式，发展生态经济。
5.1.5 开展生态恢复与重建
对区内退化的生态功能，采取适当的生物和工程措施，恢复和重建退化的生态功能。
5.1.6 加强生态环境保护的科学研究与监测
依靠科技进步，加强生态保护技术和生态破坏恢复治理技术的研究，开展生态监测，及时掌握生态环境状况和变化趋势。
5.2 分区措施
5.2.1 江河源头区
采取退耕退牧还草(林)、草地封育、发展生态牧业、适当移民等措施，解决超载过牧，粗放耕作等引起的草地退化与沙化，提高江河源头区保持水土，涵养水源的功能。
5.2.2 江河洪水调蓄区
采取退耕还湖还沼还草、移民、调整农林牧渔产业结构等措施，解决人水争地、湖泊萎缩、湿地破坏、洪水调蓄功能下降等问题，尽快遏制湿地生态环境恶化趋势。
5.2.3 重要水源涵养区
通过产业结构调整、加强封山封滩育林育草等措施，加强水源涵养区林草植被的保护与恢复，提高水源涵养功能。
5.2.4 防风固沙区
采取退耕还林还草、围栏封育、发展可替代能源等措施，解决风沙区燃料、饲料短缺问题，恢复林草植被，遏制沙化土地的扩展，减轻沙尘暴危害。
6.效益分析及经济、技术的可行性评估
6.1 生态保护和生态建设的项目及资金安排
6.2 生态功能保护区建设的经济、社会及环境效益分析
6.3 经济、技术可行性评估
