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生态功能保护区规划是通过分析区域生态环境特点和人类经济、社会活动，以及二者相互作用的规律，依据生态学和生态经济学的基本原理，制定区域生态环境保护目标，以及实现目标所要采取的措施。规划应遵循以下基本原则：
3.2.1 保护优先，预防为主，防治结合的原则
建立生态功能保护区是为了对重要生态功能区的退化地区实施抢救性保护。因此，必须坚持保护优先、预防为主，防治结合的原则，切实加强这些地区的生态保护，防止生态环境继续退化。同时，采取适当的生物和工程措施，尽快恢复和重建退化的生态功能。
3.2.2 生态保护与产业结构调整相结合的原则
通过调整生态功能保护区内的产业结构，最大限度地减轻人类活动对生态环境的影响，以达到保护生态功能的目的。
3.2.3 统筹规划，突出重点，分步实施的原则
规划要突出重点，抓住重点地区的重点生态问题，实现重点突破。同时，应当统筹兼顾，点面结合，分步实施。
3.2.4 因地制宜，坚持自然规律与社会经济发展规律相结合的原则。
规划要尊重客观规律，实事求是，在经济、技术上可行。
3.3 规划的技术路线
规划工作应在现状调查、分析的基础上，制定生态功能保护区总体目标、主要建设领域和主要建设任务，并做好规划的论证、批准工作。
规划的程序如图1所示：(略)
图1 规划程序图(略)
4.规划目标的制定
规划目标的制定是一项综合性很强的工作，是规划的关键环节。建立生态功能保护区的根本目的是为了遏制生态功能退化的趋势，保障经济、社会的可持续发展。因此，在制定规划目标时要与《全国生态环境保护纲要》和《全国生态环境建设规划》的目标相一致，要与当地的经济和社会发展计划、规划相结合，并将规划纳入当地经济和社会发展的长远规划和年度计划，做到经济、技术上切实可行，具有可操作性。在时间上应分为近期(2005年)、中期(2010年)和远期(2015年)三个阶段目标。
4.1 经济发展目标
确保区内人民群众的现有生活水平不降低，并逐步得到提高；调整产业结构，改变粗放的经济发展模式，发展生态经济。
4.2 社会发展目标
区内人口密度合理，文化素质得到提高，生态环境意识明显增强。
4.3 生态环境目标
退化的生态功能得到恢复与重建，生态系统向良性循环方向发展。
5.生态功能保护区建设的主要任务
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