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（2）在东北、华北、华东地区分别布局建设大型原油接卸码头。
（3）在大连和华北地区分别布局建设大型专业化矿石码头；利用湛江港现有码头改造成大型专业化矿石码头。
（4）加快主要港口现有基础设施的大规模技术改造，结合部分新建项目形成一批专业化的木材、粮食、钢材、水泥、化肥及滚装运输码头，加快上海、大连、青岛、广州等老港码头功能调整和城市化改造的步伐。
（5）重点建设长江口航道整治工程、广州港出海航道二期工程、深圳铜鼓航道工程，有计划地安排天津、烟台、连云港、湛江、防城港等主枢纽港口航道的升级。
3、内河航运
长江水系，上游加快三峡库区重点水运基础设施的复建工程；中下游实施航道清淤应急工程，整治武穴航道、碾子湾河段、张南及东流水道；建设嘉陵江、湘江、汉江、赣江、安徽合裕线等主要航道；长江三角洲按四、五级航道标准建设跨省航道，基本建成江南五级以上航道网，起步建设杭甬运河。
珠江水系，重点解决红水河大化、百龙滩枢纽恢复通航问题，打通西南出海中线通道，建设南线通道；重点整治小榄水道、陈村水道、劳龙虎水道、潭江水道等航道，基本建成珠江三角洲三级航道网。
黑龙江和松花江水系，重点建设松花江哈尔滨至佳木斯段航道，使松花江哈尔滨以下全线达到三级航道标准。
内河港口，以集装箱等专业化泊位建设和港口技术改造为重点，建设长江干线重庆、万州、武汉、芜湖、马鞍山等多用途和集装箱泊位，对城陵矶、南京、镇江港等老港区（码头）进行改造。
4、支持系统
——海事：建设长江口、珠江口、大连、宁波、厦门等船舶交管工程；完成海事信息系统三级网络；继续建设工作船码头和航标基地；对体制改革后新划转单位的业务用房进行统筹规划，按轻重缓急分步建设；控制巡逻船总量，优化船舶结构，更新各类船舶。
——救助：建设大连、连云港、宁波和海口救助站，改扩（迁）建荣城、温州、厦门、汕头、三亚救助站；改造救助基地水电管网设施；新建救助拖轮和快速救生船；在北方和南方海区配备海上搜救直升机。
——科研：继续进行科研基础设施和装备建设，重点建设智能交通系统工程和公路工程技术研究中心，路基路面结构工程和公路环境实验室；集装箱和散货运输关键技术实验室等。建立以企业为主体的交通技术创新体系，健全技术创新和成果转化的激励机制，加大技术创新投入，在关键技术上有所突破。
——教育：积极发展交通职业技术教育和成人教育，初步形成分层次、分类别、多渠道、多形势、重实效、有活力的教育培训体系，到“十五”末交通行业专门人才比例力争达到30%。进一步加强任职培训和岗位培训。大连海事大学重点建设航海与轮机主学科，提高教学和科研水平，加强校园基础设施建设；进一步提高培训中心的基础设施和教学实验设备的能力。
5、西部开发
在继续实施现有规划的国道主干线基础上，起步建设兰州至云南磨憨、阿荣旗到北海、阿勒泰至红其拉甫、银川至武汉、西安至合肥、长沙至重庆、西宁至库尔勒、成都至西藏樟木等八条西部省际公路通道；重点改造国道214线西宁至打洛、国道317成都至那曲、国道326秀山至曲靖、国道315西宁至喀什、国道212兰州至重庆等路段；加快县乡公路建设。到2005年，国道主干线建成1.37万公里，占西部地区总长度的85%，西部八大通道建成1.03万公里，占规划总里程的67%，通乡通村公路比重分别提高2.7和8.4个百分点，公路通乡通村率达到公路99.6%和88%。
内河建设重点分为三个层次，第一层次是水运主通道及主枢纽港口的建设，包括加快长江、西江两条出海通道、澜沧江跨境运输航道以及主要支线航道的建设；第二层次是连接水运主通道的重要支流和重要的地区性河流的航道以及地区重要港口建设；第三层次是效益显著的区间通航河流（段）及库区航运建设。
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