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加强中医药基础理论研究和临床应用研究，形成知识、技术创新体系。
以重点学科建设为龙头，集中优势力量，力争在影响和制约中医药学术发展和防病治病能力提高方面取得重大成果或有所突破。
巩固中医医院、中医专科(专病)建设成果，提高中医药救治急症能力，发挥其在社区和农村的作用。
加速中医药人才培养，提高中医药队伍整体素质。
(二)对策措施
1．适应社会主义市场经济要求，转变政府职能。
卫生事业是政府实行一定福利政策的社会公益事业，各级政府对发展卫生事业和保障人民健康负有重要责任。各级卫生行政部门要适应建立和完善社会主义市场经济体制的要求，树立大局意识和群众观念，转变职能，逐步实现对卫生机构从办向管、从隶属管理向依法管理、从条块管理向行业管理的转变。其主要职能为：制定卫生发展规划和政策；依法行政，严格履行对医疗服务要素的准入及健康相关产品的许可、准入、质量与行为监管、行政复议、应诉等职责；强化对执法活动的监督检查；向社会发布卫生服务信息；监管卫生机构的国有资产。
加强政府部门间协调，充分发挥各级爱国卫生运动委员会的组织协调作用，广泛发动群众，开展爱国卫生运动，把改水改厕、改善环境作为新时期爱国卫生工作的重点，形成全社会共同推动“大卫生”工作的局面。
2．全面深化卫生体制改革，为长远卫生发展提供体制保障。
《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》、《关于农村卫生改革与发展的指导意见》及其配套文件，明确了今后一个时期卫生改革与发展的目标、方向和政策措施。落实这些政策，不断深化各项卫生改革，是“十五”期间的重要任务。
加快实施区域卫生规划，逐步实现卫生全行业管理。医疗机构要通过调整、合作、合并等形式，优化资源的合理配置与利用，并在试点的基础上，实行属地化管理，即逐步达到县以上各级医疗机构归口市一级卫生行政部门统一管理。大力发展社区卫生服务。社区卫生组织主要承担基本医疗、预防保健、健康教育等任务，并可积极开展伤残康复、家庭病床、护理、慢病防治、健康咨询等服务，形成社区卫生服务组织和综合医院、专科医院双向转诊制度和合理分工、方便、快捷、高效的城市卫生服务体系。
加强城市医疗急救网络建设，提高应急反应能力和医疗救援水平。强化城市医疗机构内涵建设，特别要注重环境和相关服务设施建设，建立适应小康生活水平的现代化医疗服务系统。
调整与改革疾病预防和控制体制。打破按行政隶属关系逐级对口设置卫生机构的模式，对现行设置分散、规模小、服务对象和工作内容单一的有关事业单位中的疾病预防控制职能进行调整、归并，建立职能分工明确、规模适度、布局合理、精干高效，向社会提供疾病预防控制技术服务，集卫生检测与评价、健康教育与促进、业务培训与指导为一体的疾病预防控制机构。建设国家疾病预防与控制中心。
实行医疗机构分类管理制度。适应社会主义市场经济要求，根据医疗机构性质、社会功能及承担任务，按非营利性和营利性两类进行管理，制定并实施不同的财税、价格政策，保证非营利性医疗机构在医疗服务体系中占主导地位；鼓励社会投资发展卫生事业，提供多层次医疗服务，满足群众不同需求；促进多种所有制医疗机构之间的有序竞争，规范医疗服务行为和经济行为，促使医疗机构提高服务意识和服务效率，降低运营成本。
改革卫生机构管理体制和内部运行机制。积极探索建立权责明晰、富有生机的医疗机构组织管理体制，如实行医院管理委员会、理事会、董事会等管理形式，使其真正成为自主管理的法人实体。
改革卫生事业单位用人制度，实行聘用制。按照公开招聘、择优聘用、平等自愿、协商一致的原则，单位和职工通过签订聘用合同，明确单位与被聘人员的责、权、利，保证双方的合法权益。根据各类不同岗位建立相应的聘用办法，破除干部职务、专业技术职务终身制，实行由身份管理向岗位管理的转变。改革内部分配机制，按照按劳分配和按生产要素分配相结合的原则，结合卫生工作知识密集、脑力与体力结合、高风险等特点，建立起重实绩、重贡献，向优秀人才和关键岗位倾斜，自主灵活的分配激励机制。在城镇医疗机构实行“病人选择医生”，带动医疗机构内部各环节、各岗位公平有序的竞争，改善服务态度，提高医疗质量、医疗水平和工作效率。
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